สุลต่านอิสมาอิลขึ้นครองราชย์ในปี 1959 ต่อจากสุลต่านอิบราฮีม โดยก่อนหน้านี้ ทรงดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการมานานหลาย 10 ปีก่อนครองราชย์
ช่วงเวลาดังกล่าว ทรงเผชิญกับเหตุการณ์หลายๆ อย่าง ในช่วงที่ญี่ปุ่นรุกรานมลายูนั้นทรงลี้ภัยได้ไปประทับที่อังกฤษ และเสด็จกลับหลังสงครามสิ้นสุด
ตุนกู อิสมาอิล เป็นผู้เข้าร่วมประชุมกับพรรคอัมโนในการประชุมพรรคครั้งแรก ทั้งยังทรงเป็นผู้เซ็นรับรองให้ยะโฮร์เข้าเป็นส่วนหนึ่งของสหพันธรัฐมลายู
หลังขึ้นครองราชย์ สุลต่านอิสมาอิล ทรงใช้เวลาส่วนหนึ่งไปกับการเสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมราษฎร ทั้งยังมีความสนิทสนมกับเหล่าบันดาข้าราชบริพาร
อย่างไรก็ตาม 1 ในเหตุการณ์สำคัญในรัชกาล คือการทรงสั่งปลดตุนกูมาห์มูด อิสกันดาร์ จากตำแหน่งตุนกูมะห์โกตา (มกุฎราชกุมาร) เพราะประพฤติผิด

ตุนกู มาห์มูด อิสกันดาร์ หรือในเวลาต่อมาคือ สุลต่านอิสกันดาร์ ทรงขึ้นชื่อเรื่องความพระทัยร้อน และยังใช้ความรุนแรง ทำให้มีเรื่องอื้อฉาวเกิดขึ้นบ่อย
ปี 1961 ว่ากันว่า ทรงกักขังเหนี่ยวหน่วยตำรวจนายหนึ่ง ทำให้สุลต่านอิสมาอิล ทรงตัดสินพระทัยปลดพระองค์ออกแล้วแต่งตั้งตุนกู อับดุล ระห์มัน แทน
ตุนกู อับดุล ระห์มัน เป็นพระราชโอรสองค์รอง ที่ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นตุนกูมะห์โกตาในปี 1966 ส่วนตุนกูมาห์มูด ทรงดำรงตำแหน่งเป็นรายามุดาแทน
ตุนกู มาห์มูด อิสกันดาร์ ยังทรงก่อเหตุอื้อฉาวต่อไป เป็นต้นว่า ทรงทุบตีชายหนุ่ม 2 คนที่ขับรถปาดหน้าในปี 1972 และยังมีคดีทำร้ายกักขังหน่วงเหนี่ยว
ปี 1977 ตุนกูมาห์มูด ทรงถูกกล่าวหาว่าทรงได้ฆาตกรรมชายคนหนึ่งใกล้เฮลิคอปเตอร์ส่วนพระองค์ โดยกล่าวหาว่าเขาเป็นผู้ลักลอบค้าของผิดกฎหมาย

ขณะเดียวกันปี 1977 เกิดเรื่องน่าสลดใจขึ้นกับราชวงศ์ยะโฮร์เมื่อสุลต่านและพระมเหสีทรงประสบอุบัติทางรถยนต์พระที่นั่ง ณ เมืองกุไลในรัฐยะโฮร์เอง
พระมเหสีทรงได้รับบาดเจ็บ อัมพาตและสิ้นพระชนม์ในเดือนต่อมาเนื่องจากพระมัตถลุงค์ (สมอง) กระทบกระเทือนหนัก สุลต่านทรงได้บาดเจ็บเล็กน้อย
ปี 1982 ก่อนที่สุลต่านอิสมาอิลจะเสด็จสวรรคตนั้น ได้มีการประกาศแต่งตั้งตุนกูมะห์โกตา โดยให้ตุนกูมาห์มูดกลับมาตามเดิมแทนตุนกู อับดุล ระห์มัน
จากการแต่งตั้งดังกล่าว ทำให้ได้รับเสียงวิพากษ์วิจารณ์เป็นอย่างมากไปทั่วรัฐ แม้แต่มนตรีใหญ่ของรัฐเองนั้น ก็ยังอดสงสัยไม่ได้ว่าเกิดอะไรขึ้นกันแน่
มีผู้อ้างไว้ว่า ก่อนสุลต่านอิสมาอิลจะพระประชวรหนักนั้น เป็นช่วงเวลาประจวบเหมาะพอดีกับที่ตุนกูมาห์มูด ได้ทรงรับแต่งตั้งให้ขึ้นเป็นตุนกูมะห์โกตา

หลังจากที่สุลต่านอิสกันดาร์ทรงขึ้นครองราชย์เป็นสุลต่านยะโฮร์ 3 ปีต่อมา ก็ได้ทรงรับวาระขึ้นเป็นยังดีประตวนอากงแห่งมาเลเซีย ต่อจากสุลต่านปะหัง
แน่นอนว่าด้วยพระอารมณ์ร้อน ดุเดือดของสุลต่านอิสกันดาร์ ทำให้มาเลเซียในช่วงเวลาดังกล่าวนั้นเต็มไปด้วยเรื่องราวสีสันดราม่าอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้
ทรงขอให้ให้มูซา ฮิตัม รองนายกฯ ซึ่งเคยมีปัญหากับพระองค์ ออกมาขอโทษพระองค์ และพระองค์ก็ได้อบรมเขาต่อหน้าผู้คน ที่มัสยิดแห่งชาติมาเลย์
ในช่วงวิกฤตการเมือง 1988 ว่ากันว่า ทรงกับมหาธีร์ ได้ปลด ซัลเลห์ อาบัส ออกจากตำแหน่งประธานศาลสหพันธ์ฯ ท่ามกลางเสียงว่าเป็นการล้างแค้น
เนื่องจาก ซัลเลห์ อาบัส คือผู้พิพากษาคดีที่พระองค์เคยทรงก่อไว้และทรงถูกตัดสินโทษจำคุก 6 เดือนไป ทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ขึ้นมาทันที

อย่างไรก็ตาม หนึ่งในเรื่องที่โด่งดังและอื้อฉาวที่สุดของสุลต่านอิสกันดาร์ คงไม่พ้นกรณีโกเมซ ซึ่งเกิดขึ้นในช่วงปี 1992 โดยตุนกูอับดุล มาจิส อิดริส
ตุนกูอับดุล มาจิส อิดริส เป็นพระราชโอรสองค์สุดท้อง และเป็นนักกีฬาฮอกกี้ของทีมยะโฮร์ ได้มีเรื่องกับทีมเปราก์ขึ้น จนกลายเป็นเรื่องราวใหญ่โตขึ้น
ตุนกูอับดุล มาจิส อิดริส ทรงถูกแบนจากการแข่งขัน 5 ปี ทั้งยังทรงถูกตัดสินให้จำคุก 1 ปี ปรับ 2,000 ริงกิต แต่ในภายหลังได้ทรงถูกประกันตัวออกมา
สุลต่านอิสกันดาร์ ตอบสนองการถูกแบนโดยการพยายามดึงทีมยะโฮร์ออกจากการแข่งขันระดับชาติ ทำให้ Douglas Gomez โค้ชทีมยะโฮร์ไม่พอใจ
เขาแสดงความไม่พอใจต่อเรื่องราวดังกล่าว ทำให้สุลต่านเรียกเขามาพบพระองค์ที่พระราชวัง ก่อนที่จะทรงเข้าทำร้ายเขาที่ใบหน้าและท้องจนบาดเจ็บ