หลังจากนั้น เรื่องราวของ ตุนกู นาซิมุดดิน กับ ตุนกู  อิสมาอิล อิดริส ก็ได้เงียบหายไป รวมถึงการปฏิเสธจากราชสำนักยะโฮร์ว่าเจ้าชายไม่ได้ทำผิดใดๆ
อย่างไรก็ตาม หนึ่งในเรื่องราวที่เป็นปัญหามากที่สุดของราชสำนักยะโฮร์ เป็นเรื่องราวความขัดแย้งระหว่างราชสำนักกับรัฐบาลกลางใน KL เองมากกว่า
โดยหนึ่งในไม้เบื่อไม้เมาของราชสำนักยะโฮร์และถูกมองว่าเป็นตัวอันตรายที่สุดของราชสำนักยะโฮร์ ก็คืออดีตนายกรัฐมนตรี มหาธีร์ โมฮาหมัด นั้นเอง
สำหรับสุลต่านอิสกันดาร์ แม้ว่าช่วงที่ยังเป็นยังดีประตวนอากงจะมีความสัมพันธ์อันดีกับมหาธีร์ แต่หลังจากที่ทรงพ้นจากตำแหน่ง ก็ทรงเริ่มมีปัญหากัน
ความขัดแย้งดังกล่าวนั้น เกิดขึ้นจากสุลต่านอิสกันดาร์ที่ประกาศสนับสนุนอับดุลละห์ อาหมัด บาดาวี ที่มีปัญหากับมหาธีร์ในตอนนั้นในเรื่องการบริหาร

ในเวลาไม่กี่ปีนี้ ราชสำนักยะโฮร์มีท่าทีก้าวร้าวต่อรัฐบาลมากขึ้น แม้ว่าสุลต่านอิบราฮีม อิสมาอิล จะไม่มีท่าทีใดๆ แต่บรรดาพระราชโอรสนั้นตรงกันข้าม
จุดเริ่มต้นเกิดจากที่มหาธีร์ตั้งประเด็นว่า ราชสำนักยะโฮร์นั้น พยายามหลีกเลี่ยงภาษีและพยายามฮุบที่ดิน จนส่งผลต่อภาพลักษณ์ของราชสำนักยะโฮร์
ไม่เพียงเท่านั้น มหาธีร์ ยังตั้งคำถามจากการที่ราชสำนักยะโฮร์ใช้อำนาจในการแต่งตั้งมุขมนตรีคนใหม่ จนมองว่าเป็นการใช้อำนาจในทางการเมืองไป
มหาธีร์ กับ ตุนกู อิสมาอิล อิดริส เปิดสงครามน้ำลายผ่านสื่ออย่างดุเดือด จนมหาธีร์ถึงกับสวนกันแรงไปเลยว่าตุนกูอิสมาอิลนั้น 'เป็นเด็กน้อยและโง่เง่า'
การถกเถียงผ่านสื่อ ยังทำให้ ราชา ซาริท โซเฟีย พระมารดา ทรงทนไม่ไหว จนต้องออกมาแสดงความเป็นห่วงเป็นใยต่อพระราชโอรสว่าจะถูกรุมรังแก

ทั้งนี้ มองในแง่รวม ในช่วงเวลาหลายสิบปีที่ผ่านมา ยะโฮร์มีท่าที่ที่ดูก้าวร้าวต่อรัฐบาล สาเหตุหนึ่งจากการที่เพราะผู้ปกครองต่างมีปัญหากับทางรัฐบาล
โดยสาเหตุย่อยอีกที มาจากการที่ผู้ปกครองต่างใช้กำลังและมีพฤติกรรมไม่เหมาะสมต่อประชาชนจนทำให้ต้องถูกตำหนิและถูกวิพากษ์วิจารณ์อยู่บ่อยๆ
แต่หากมองอีกจุดหนึ่ง ยะโฮร์นั้นไม่เคยคิดจะรวมกับมาเลเซียด้วยซ้ำ เพียงแต่สุลต่านอิสมาอิลนั้นได้ยินยอมที่จะเข้าร่วมกับมาเลเซียเองโดยเต็มพระทัย
ในขณะที่ก่อนหน้านี้ สุลต่านอิบราฮีม พระราชบิดา มีท่าทีไม่คิดจะรวมเข้ากับมาเลเซีย และต้องการจะให้ยะโฮร์มีเอกราชแยกต่างหากเหมือนอย่างบรูไน
ไม่ว่าเป็นอย่างไรก็ตาม การคาดเดาจากหลายฝ่ายทำให้เชื่อว่า ยะโฮร์หลังยุคสุลต่านอิบราฮีม อิสมาอิล มีโอกาสสูงที่ยะโฮร์จะแยกตัวออกจากมาเลเซีย

สาเหตุหนึ่งที่เป็นเช่นนั้น เพราะก่อนหน้านี้ ตุนกู อิสมาอิล อิดริส มกุฎราชกุมาร มักตั้งคำถามและพูดประเด็นการแยกตัวของยะโฮร์จากมาเลเซียอยู่ตลอด
รวมถึงการที่มีสมาชิกพระราชวงศ์องค์อื่น ได้แสดงท่าทีว่าต้องการแยกตัวด้วยการโพสต์รูปลง Instagram ส่วนพระองค์ว่าไม่ต้องการรวมกับมาเลเซีย
มองจากภาพรวม ทำให้หลายฝ่ายเชื่อว่า การที่ราชสำนักยะโฮร์คิดแบบนั้น เพราะถูกแทรกแซงและถูกควบคุมจากรัฐบาลกลางมากเกินไปจนเป็นปัญหา
ในขณะที่มุมมองของรัฐบาลกลาง ทั้งในพรรคอัมโน และกลุ่ม PH ของมหาธีร์เองนั้น มองว่าราชสำนักนั้นพยายามตั้งแง่และท้าทายอำนาจของรัฐบาล
แต่สิ่งที่สามารถตัดสินได้ทุกอย่างก็คือ ประชาชนของรัฐยะโฮร์เอง ว่าจะเลือกอยู่กับยะโฮร์ต่อไป หรือว่าจะแยกตัวเป็นรัฐอธิปัตย์ใหม่ ไม่ขึ้นกับใครทั้งนั้น

อย่างไรก็ตาม หากรัฐยะโฮร์แยกตัวสำเร็จ แล้วได้เข้าเป็นสมาชิกใหม่ของอาเซียน รัฐอธิปไตยยะโฮร์ จะมีพื้นที่เป็นอันดับที่ 9 มากกว่าบรูไนและสิงคโปร์
ยะโฮร์จะมีประชากรเป็นอันดับที่ 9 มากกว่าแค่บรูไน ส่วน GDP จะสูงถึง 27,853 ล้านดอลล่าร์สหรัฐ มากกว่ากัมพูชา ลาว และบรูไน ก็คือฐานะดีหน่อย
ส่วนมาเลเซีย จะสูญเสียพื้นที่ไปประมาณ 6% สูญเสีย GDP ประมาณ 7% และประชากรอีกจำนวนหนึ่ง แต่ความเสียหายจะน้อยกว่ารัฐอื่นๆ ที่จะเกิดขึ้น
ในปัจจุบัน รัฐที่มีความเจริญทางเศรษฐกิจและการพัฒนาสังคมมากที่สุดก็คือ รัฐสะลาโงร์ ด้วยเหตุผลที่เป็นรัฐล้อมรอบเมืองหลวงและศูนย์กลางรัฐบาล
แต่เนื่องจากด้วยฐานะของยะโฮร์ ที่ติดต่อกับสิงคโปร์ได้ อาจจะเป็นเหตุผลหนึ่งที่มาเลเซีย อาจจะไม่ยอมให้ยะโฮร์ แยกตัวออกไปจากสหพันธรัฐได้ง่าย