สุลต่าน โอมาร์ อาลี ไซฟุดดิน ที่ 3 เป็นสุลต่านรัชกาลที่ 28 แห่งราชอาณาจักรบรูไน ดารุสสลาม 
ทรงขึ้นครองราชย์ต่อจาก สุลต่าน อาหมัด ตาญุดดิน พระเชษฐา สุลต่านแห่งบรูไนรัชกาลที่ 27
อังกฤษเริ่มผ่อนปรนการบริหารบ้านเมืองขึ้นเรื่อยๆ ขณะที่พระองค์เริ่มทำการรวมศูนย์อำนาจเข้าสู้พระองค์
หนึ่งในพระราชกรณียกิจหลักๆ ตลอดระยะรัชสมัยคือการส่งเสริมศาสนาอิสลาม โดยปราศจากความคิดสุดโต่งใดๆ
ทรงประกาศว่า จะให้ศาสนาอิสลามในบรูไน ปราศจากความสุดโต่ง อันจะทำให้เกิดความสั่นคลอนต่อราชบัลลังก์ได้

อย่างไรก็ตาม ท่ามกลางช่วงระยะที่รอการเป็นเอกราชจากอังกฤษ แหลมมลายูได้ประกาศอิสรภาพขึ้น
สุลต่านโอมาร์ ทรงเล็งเห็นถึงข้อดีในการรวมเป็นหนึ่งเดียวกับมาเลเซีย จึงส่งโทรเลขไปยังตุนกู อับดุล ระห์มัน นายกรัฐมนตรีของมาเลเซีย
ทรงแสดงความประสงค์โดยชัดเจนว่า ต้องการขอเป็นส่วนหนึ่งของมาเลเซีย เพื่อจะได้พ้นจากอำนาจการบริหารของอังกฤษ
อย่างไรก็ตาม ชีค อาซาฮารี มาห์มูด ผู้นำพรรคประชาชนบรูไน (PRB) ไม่เห็นด้วยกับการรวมกับสหพันธรัฐมลายู และพยายามก่อการปฏิวัติ
อย่างไรก็ตาม การปฏิวัติไม่สำเร็จ อาซาฮารีขอลี้ภัยไปอินโดนีเซียและไม่ได้กลับบรูไนอีก ทำให้เกิดความระหองระแหงขึ้น

หลังจากการพยายามการปฏิวัติ มาเลเซียได้ยื่นข้อเสนออีกครั้ง พระองค์เริ่มรู้สึกไม่ไว้พระทัยกับสถานการณ์ที่เป็นอยู่
การเข้ารวบรวมสหพันธรัฐมาเลเซีย ถูกเลื่อนไป จนกระทั่งในที่สุด สหพันธรัฐมาเลเซีย ก็สถาปนาโดยที่ไม่ได้มีบรูไนเข้าร่วมด้วย
มีการวิเคราะห์ว่า สุลต่านโอมาร์ ทรงเลือกที่จะให้อังกฤษอยู่ความคุ้มครองพระองค์ต่อไปมากกว่าจะเลือกเป็นเอกราช หรืออาจจะต้องเสี่ยงซ้ำอีก
ซึ่งผลหลังจากนั้น กลายเป็นว่า มาเลเซียกับอินโดนีเซีย ซึ่งอยู่เบื้องหลังกลุ่มพรรคประชาชนบรูไน ได้มีการเผชิญหน้าขึ้น 
หนึ่งในสมรภูมิ ก็คือในซะบาห์และซาราวะก์ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของมาเลเซียไปแล้ว ซึ่งหากบรูไนรวบรวมเข้าด้วย ก็อาจจะต้องเผชิญไปด้วยอีกหนึ่ง

หลังจากเหตุการณ์การปฏิวัติผ่านไป 4 ปี สุลต่านโอมาร์ ทรงสละราชสมบัติให้กับเจ้าชายฮัสซันนัล โบกียะห์ มกุฎราชกุมารที่กำลังศึกษาในอังกฤษอยู่
ทรงประกาศว่าการสละราชสมบัติ จะไม่มีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขใดๆ และจะทรงมอบให้เจ้าชายฮัสซันนัล เป็นสุลต่านองค์ต่อไปตามกฎหมายของบรูไน
สุลต่านองค์ใหม่ ทรงประกาศว่าทรงจะรักษาความสงบ พัฒนาประเทศให้รุ่งเรือง และจะปกครองภายใต้หลักธรรมของอิสลาม ประเพณีดั้งเดิม 
จากนั้น ทรงเสด็จรอบเมืองหลวง เหล่านักเรียนที่เข้าเฝ้าได้เปล่งเสียงร้องดังๆ ว่า Daulat Tuanku! (ขอจงทรงพระเจริญ) 
ในบรรดาแขกต่างประเทศที่ได้รับเชิญมา มีนายลีกวนยู จากสิงคโปร์ ตุนกู อับดุล ระห์มัน จากมาเลเซีย และผู้แทนสมเด็จพระราชินีนาถประจำบรูไน

แม้ว่าจะทรงสละราชสมบัติไปแล้ว แต่พระองค์ยังทรงให้คำปรึกษาและชี้แนะแนวทางต่อพระราชโอรสอย่างไม่มีเปลี่ยนแปลง
หนึ่งในพระราชกรณียกิจที่สำคัญ ก็คือการปูทางให้บรูไนได้รับเอกราชไปเรื่อยๆ จนกระทั่งได้รับในวันที่ 1 มกราคม 1984
ในเที่ยงคืนของวันที่ 31 ธันวาคม ทรงประกาศว่า บรูไนได้รับเอกราชโดยสมบูรณ์แล้ว หลังจาก 97 ปีภายใต้อารักขาของอังกฤษ
ปืนสลุตยิง 21 นัด พร้อมเสียงดุอาห์ของมุฟตี อดีตสุลต่านประกาศก้อง อัลลอฮ์ อักบัร 3 ครั้ง แม้วันนั้นฝนจะตก แต่ก็ไม่ได้ทำให้ความปิติยินดีหายไป
2 ปีต่อมา ทรงเสด็จสวรรคตอย่างสงบ ณ กรุงบันดาร์สะรีบะกาวัน ก่อนที่จะถูกฝัง ณ สุสานหลวง ข้างๆ พระราชบิดา และพระเชษฐา