ทั้งนี้เพราะพม่าสมัยราชวงศ์ตองอูยุคต้น มีรูปแบบการปกครองแตกต่างจากอยุทธยา คือมีการกระจายอำนาจปกครองสูง โดยพระมหากษัตริย์ที่เป็นศูนย์กลางคือพระเจ้าหงสาวดี ในฐานะของพระจักรพรรดิราช (चकवती cakkavatti) จะทรงสร้างเครือข่ายอำนาจของพระองค์ อำนาจแก่เชื้อพระวงศ์หรือขุนนางที่ไว้วางใจได้ปกปกครองเมืองสำคัญต่างๆและมีการผูกสัมพันธ์ด้วยการแต่งงาน การนับโอรสธิดาเข้ามาชุบเลี้ยงเพื่อสร้างความจงรักภักดีโดยตั้งอยู่บนพื้นฐานของ ‘สัจจะ(allegiance)’ และ ‘การผูกมัด(obligation)’


โดยโครงสร้างการปกครองอาจจะแบ่งเป็น ๓ ส่วนคือ

๑. ส่วนที่เป็นศูนย์กลาง ซึ่งคือบริเวณที่กษัตริย์ผู้เป็นศูนย์กลางมีอำนาจปกครองโดยตรง ซึ่งก็คือราชธานีและหัวเมืองใกล้เคียง ในกรณีนี้คือเมืองหงสาวดีและหัวเมืองมอญใกล้ๆ

๒. ศูนย์อำนาจระดับรอง ได้แก่หัวเมืองใหญ่สำคัญๆ อย่างเมืองแปร อังวะ ตองอู เมาะตะมะ เชียงใหม่ซึ่งมักตั้งให้ราชวงศ์ระดับสูงไปปกครอง โดยผู้ปกครองมีฐานะเป็นกษัตริย์ (ဘုရင့် Bayin) มีอำนาจปกครองตนเองสูง ส่วนเมืองระดับรองๆก็มักจะให้โอรสที่เกิดจากสนมหรือขุนนางระดับสูงไปครอง บางเมืองก็เป็นเมืองกษัตริย์ บางเมืองก็ปกครองโดยเจ้าเมืองหรือ มโย้ซา (မြို့စား  Myoza แปลว่า กินเมือง) ซึ่งบางเมืองก็ไม่ได้ปกครองโดยตรง เพียงแต่ได้รับภาษีและสิทธิประโยชน์จากเมืองเท่านั้น

๓. หัวเมืองประเทศราช เช่นอยุทธยา ล้านช้าง ไทใหญ่ มักจะได้ปกครองโดยเชื้อสายดั้งเดิม เมืองประเทศราชมีหน้าที่ต้องถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา ส่งบรรณาการหรือทหารเมื่อได้รับการเรียกร้อง ส่งโอรสธิดาเข้ามาเป็นตัวจำนำ


ดังนั้นพระเจ้าหงสาวดีจะอยู่ในฐานะกษัตริย์ที่เป็น 'เจ้าเอกราช' (မင်းေအကရာဇ် Min Ekaret) หรือเป็นราชาธิราชที่ยิ่งใหญ่เหนือกษัตริย์องค์อื่น (King of kings/hegemony) การที่กษัตริย์เมืองออกทั้งหลายจะยังคงความจงรักภักดีกับ ‘เจ้าเอกราช’ ก็ขึ้นอยู่กับบารมีของเจ้าเอกราชเอง รวมถึงสายสัมพันธ์ของเจ้าเอกราชกับกษัตริย์และเจ้าประเทศราชทั้งหลาย (ซึ่งมักจะผ่านทางการแต่งงาน) ด้วยระบบการปกครองแบบนี้ เมื่อเจ้าเอกราชสิ้นไป หากกษัตริย์ที่ขึ้นแทนที่อาจไม่มีบารมีมากพอที่จะทำให้กษัตริย์ทั้งหลายยอมรับได้ หรือมีสายสัมพันธ์ที่มากพอ ก็อาจจะทำให้การปกครองพังทลายลงพร้อมๆกับกษัตริย์องค์เก่าที่สิ้นไป หัวเมืองต่างๆซึ่งล้วนมีอำนาจการปกครองตนเองก็พร้อมจะแยกตัวเป็นอิสระได้


รูปแบบการปกครองแบบนี้อาจจะใกล้เคียงกับไทยสมัยก่อนอยุทธยาหรืออยุทธยาตอนต้นที่ยังมีเจ้าราชวงศ์ปกครองตามหัวเมืองสำคัญต่างๆ ที่เป็นสามนตราช  เช่นสุพรรณภูมิ ละโว้ เพชรบุรี แพรกศรีราชา นครศรีธรรมราช สุโขทัยเป็นต้น  รวมถึงเมืองลูกหลวงหลานหลวง โดยผู้ปกครองได้เสวยราชย์เป็น "พระญา" (สมัยอยุทธยาตอนต้นเทียบเท่ากษัตริย์) อย่างเช่น

ในสมัยสมเด็จพระเจ้ารามาธิบดีก็มีสมเด็จพระราเมศวรพระโอรสครองเมืองลพบุรี สมเด็จพระบรมราชาธิราชพระเชษฐาครองเมืองสุพรรณบุรี

ในสมัยสมเด็จพระนครอินทร์ก็ให้โอรสทั้ง ๓ คือ เจ้าอ้ายพระญาครองเมืองสุพรรณบุรี เจ้ายี่พระญาครองเมืองสรรค์ เจ้าสามพระญาครองเมืองชัยนาท (พิษณุโลก)  

ในสมัยเจ้าสามพระญาก็ตั้งโอรสคือสมเด็จพระนครอินทร์กับเจ้าพระญาแพรกเป็น "พระเจ้ากรุงยโสธร" คือกษัตริย์เมืองนครหลวง และหัวเมืองฝ่ายเหนือถูกแบ่งเป็น ๔ ส่วน มีผู้ปกครองเมืองเป็น "พระญา" ได้แก่ พระญาบาลเมืองครองเมืองสองแคว (ภายหลังได้เป็น มหาธรรมราชา) พระญารามราชครองเมืองสุโขทัย พระญาเชลียงครองเมืองเชลียง พระญาแสนสอยดาวครองเมืองกำแพงเพชร (ในจารึกลานเงินเสด็จพ่อพระยาสอยใช้คำว่า 'เสวยราชย์ในบุรีศรีกำแพงเพชร เสด็จฤกษ์(บูรพผลคุณินักษัตร) ได้ขึ้นราชาอาสน์อภิรมย์ สมกอรปคลามาสู่ อยู่เสวยมโนรมย์สอดสมเสพ ' บ่งบอกถึงความเป็นกษัตริย์อย่างชัดเจน)


แต่อยุทธยาได้ปฏิรูปการปกครองในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถโดยพยายามดึงอำนาจเข้าสู่การปกครองส่วนกลางมากขึ้น ทำให้อำนาจของเจ้าสายวงศ์ต่างๆลดน้อยลง จนเมืองที่มีเจ้าปกครองในยุคหลังก็เหลือแต่พิษณุโลกเท่านั้น ซึ่งหลังยุคสมเด็จพระนเรศวรก็ไม่ปรากฏว่ามีกษัตริย์ครองเมืองพิษณุโลกอย่างเป็นสิทธิขาดอีก ทำให้อยุทธยามีพัฒนาการปกครองที่สูงกว่าหงสาวดีครับ

แต่พม่าในยุคหลังก็เหมือนจะไม่ค่อยได้ตั้งเจ้านายไปครองเมืองโดยตรงอีก แต่ได้กินส่วยจากเมืองนั้นแทนเป็นส่วนใหญ่ครับ