หลังจากอาณาจักรพุกามถูกราชวงศ์หยวนรุกราน อาณาจักรก็ถูกแบ่งออกเป็น 2 ส่วน ส่วนแรกถูกรวมเข้ากับจีน อีกส่วนเป็นประเทศราช ทุกอาณาจักรในดินแดนพม่ากลายเป็นประเทศราชของจีนหมด ยกเว้นอาณาจักรมยังจาง อันเป็นอาณาจักรของชาวไทใหญ่โบราณ ก่อตั้งในแถบตอนบนของแม่น้ำอิรวดี โดย 3 กษัตริย์พี่น้อง คือ พระเจ้าอธินคญา,พระเจ้าราชาสีนยาน,พระเจ้าสีหตู อดีตนายทหารชาวไทใหญ่แห่งอาณาจักรพุกาม

ส่วนอาณาจักรพุกามในฐานะเมืองขึ้นของจีน ได้แต่งตั้งให้พระเจ้ากะยอชวาเป็นกษัตริย์หุ่นเชิด แต่หลังจากนั้นไม่นาน พระองค์กลับถูกสามกษัตริย์แห่งมยังจางรุกรานและขับพระองค์ออกจากบัลลังก์และประหารชีวิต เจ้าชอนิน พระโอรสองค์โตได้รับการแต่งตั้งให้เป็นอุปราชแห่งพุกามภายใต้การปกครองของมยังจาง และต่อมา เจ้าซาวมอนนิน พระโอรส ได้ขึ้นเป็นอุปราชสืบต่อมาเป็นเจ้าฟ้าอูซานาที่ 2 หลังการสิ้นพระชนม์ ราชวงศ์พุกามได้ล่มสลายไปเป็นส่วนหนึ่งของราชวงศ์ในอาณาจักรต่างๆ ส่วนเจ้าอูซานาที่ 1 พระอนุชาของเจ้าชอนินหรือพระปิตุลาของเจ้าอูซานาที่ 2 (เจ้าซาวมอนนิน) พระเจ้าสีหตูได้รับเป็นพระโอรสบุญธรรมและต่อมาได้ครองราชย์เป็นกษัตริย์แห่งพินยา อย่างไรก็ตาม หลังพระเชษฐาองค์รองสวรรคตในปี ค.ศ.1302 พระเจ้าสีหตูได้ลอบปลงพระชนม์พระเชษฐาองค์โต และได้ย้ายเมืองหลวงไปที่เมืองพินยาในปี 1310 ทำให้สถานะของอาณาจักรมยังจางสิ้นสุดและกลายเป็นอาณาจักรพินยาแทน

เมื่อพระเจ้าสีหตูทรงตั้งแต่งเจ้าฟ้าอูซานาที่ 2 ขึ้นเป็นรัชทายาท เจ้าฟ้าชอว์ยัน พระโอรสแท้ๆน้อยพระทัยจึงหนีไปตั้งอาณาจักรสะกายและแยกตัวออกมาจากอาณาจักรพินยานับตั้งแต่นั้นมา เมื่อเจ้าฟ้าชอว์ยันสวรรคต พระเจ้าธาราพญาได้ขึ้นครองราชย์ต่อจากพระอนุชา และปกครองอาณาจักรสะกายตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา

อาณาจักรพินยาปกครองมาถึงปี 1364 พระเจ้านราธูชักชวนเจ้าฟ้ามอกองตีอาณาจักรสะกาย แต่ทว่าเมื่อถึงเวลา มีเพียงแค่กองทัพเจ้าฟ้ามอกองเท่านั้นที่บุกตีเข้าไป ทำให้กองทัพเจ้าฟ้ามอกองต้องบุกตีโดยปราศจากกองทัพของพินยา ทันทีที่กองทัพเจ้าฟ้าบุกตีสะกายสำเร็จ ก็กลับมาตีเมืองพินยาและจับพระเจ้านราธูในฐานะเชลย ต่อมา เจ้าอูซานาที่ 2 (คนละองค์กับองค์ที่เป็นพระมหาอุปราชแห่งพุกาม) ได้ขึ้นครองราชย์เป็นกษัตริย์แห่งพินยา ส่วนอาณาจักรสะกาย ก่อนหน้านี้เจ้าธิหะพเตแห่งสะกายได้นำเจ้าธาโดมินพญา พระโอรสบุญธรรม ไปจำคุกโทษฐานที่ป้องกันเมืองตะกองไม่ได้ แต่เมื่อกองทัพมอกองตีเมือง เจ้าธิหะพเตได้หนีออกจากเมืองไปก่อนที่กองทัพมอกองตีเมืองสำเร็จ หลังจากนั้น เจ้าธาโดมินพญาได้นำชาวบ้านจับเจ้าธิหะพเตสำเร็จโทษ และขึ้นครองราชย์เป็นกษัตริย์แห่งอังวะ หลังจากนั้น พระองค์ได้นำกองทัพตีพินยาและจับเจ้าอูซานาไปประหารชีวิต ตลอดระยะเวลาที่เหลือของพระองค์ ทรงนำกองทัพรุกรานทางตอนกลางของพม่าอยู่ตลอดจนเสด็จสวรรคตด้วยพระโรคฝีดาษในปี 1367 ขณะกำลังนำทหารไปทางตอนใต้ ตลอดรัชสมัย พระองค์ถูกรัฐฉานรุกรานอยู่ตลอดเวลา แต่ก็ป้องกันได้

เจ้าฟ้าชวาโชเก ผู้สืบเชื้อสายแห่งราชวงศ์พุกามและพินยาได้รับเลือกเป็นพระมหากษัตริย์ต่อจากพระเจ้าธาโดมินพญา ทรงพระนามว่า พระเจ้าชวาโชเก หรือ พระเจ้าฝรั่งมังศรีชวา ทรงได้ขยายอาณาเขตไปถึงภาคใต้ และทำสงครามกับพระเจ้าราซาดาริต หรือพระเจ้าราชาธิราชแห่งอาณาจักรมอญ จนถึงปี 1391 จึงได้พักรบกัน

ต่อมาพระเจ้าชวาโชเกสวรรคต พระเจ้าธราพญาได้ขึ้นครองราชย์ แต่ก็ครองราชย์เพียงแค่ เจ็ดเดือน ทรงถูก หง่างอกซาน เจ้าเมืองตะกองลอบปลงพระชนม์ แล้วทูลเกล้าให้เจ้ามินคุง หรือเจ้าฝรั่งมังฆ้องขึ้นเป็นกษัตริย์ และทำสงครามกับมอญอีกครั้ง ทรงสูญเสียพระโอรสองค์โตคือมังรายกะยอชวาจากการรบกับมอญ และส่งผลให้เจ้าฟ้าสีหตูหรือมังศรีสูขึ้นเป็นรัชทายาทแทน

ระหว่างการรบกับมอญ ราชวงศ์หมิงได้รุกรานอาณาจักรของพระองค์แต่สามารถยับยั้งได้ ต่อมา เจ้าฟ้าสีหตูขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าสีหตูแห่งอังวะ และพยายามจะยึดครองมอญอีกครั้ง แต่สงครามสงบได้ด้วยการที่พระนางเชงสอบู พระธิดาของพระเจ้าราชาธิราช ได้อภิเษกสมรสกับพระองค์ ทำใหพระนางเชงโบเมไม่พอใจ จึงสมคบกับเจ้าฟ้าไทใหญ่ทำสงครามกับพระเจ้าสีหตูจนสวรรคตทั้งสองพระองค์ ต่อมาพระเจ้ามินลังเก พระโอรสได้ขึ้นครองราชย์ต่อ แต่พระนางก็ยังไม่พอใจ วางยาพระโอรสและให้เจ้าฟ้าแห่งกาเลขึ้นครองราชย์ จนเจ้าฟ้ามอยิ่นก่อการปฏิวัติ จับเจ้าฟ้ากาเลและพระนางเชงโบเมไปขังคุกและตั้งตนเป็นกษัตริย์

ต่อมาอาณาจักรอังวะถูกเจ้าเมืองในความปกครองหลายๆเมืองแข็งเมือง เช่น อาณาจักรแปร อาณาจักรไทใหญ่ รวมไปถึงอาณาจักรตองอูด้วย และต่อมา อาณาจักรอังวะถูกอาณาจักรไทใหญ่รุกรานและคุกคามอยู่บ่อยๆจนต้องลงนามเป็นพันธมิตร แต่ท้ายสุดก็ถูกฉีกสัญญา อาณาจักรอังวะเข้าใกล้ภาวะสูญสลาย เพราะถูกอาณาจักรรอบข้างแสดงความไม่เป็นมิตรออกมาเรื่อยๆ

อาณาจักรตองอูนำโดยพระเจ้าเมงจีโย ได้สร้างความเข้มแข็งและความแข็งแกร่งออกมา และตีเมืองจนขยายอาณาเขตออกไปได้พอสมควร จากนั้น พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ได้ขยายอาณาเขตของอาณาจักรออกไปกว้างขวาง โดยเฉพาะการยึดหัวเมืองมอญทั้งหลาย แต่เมื่อพระองค์เสด็จรบกับกรุงศรีอยุธยา กลับสร้างปัญหาให้กับพระองค์จนต้องเสด็จกลับหงสาวดี อันเป็นเมืองหลวงใหม่ และเสวยน้ำจัณฑ์เพราะทรงเสียพระทัยที่ยึดอยุธยาไม่ได้ ประกอบกับการก่อกบฎของสมิงตอ ทรงมอบหมายให้เจ้าฟ้าบุเรงนอง พระกนิษฐภคินี ปราบปรามกบฎแทนพระองค์  และวันหนึ่ง ขณะทรงคล้องช้างที่เมืองปันตาเนาว์ ขณะทรงประทับในพลับพลา ก็ถูกสมิงสอทุตกับพรรคพวกตัดพระศอของพระองค์ขณะทรงบรรทมอยู่

เจ้าฟ้าบุเรงนองปราบดาภิเษกและปราบกบฏและขยายอาณาเขตอย่างกว้างขวาง รวมไปถึงการยึดครองเชียงใหม่และอยุธยาด้วย แต่ภายหลังการสวรรคตของพระองค์ เจ้าเมืองประเทศราชเอง หรือเจ้าเมืองในความปกครองล้วนแต่มีการแข็งเมือง รวมถึงการรุกรานจากชาวโปรตุเกส แต่ในยุคนยองยานได้มีการฟื้นฟูราชวงศ์และเกิดความเจริญรุ่งเรืองในเวลาอันสั้น ก่อนที่จะกลับมาเสื่อมในเวลาต่อมา

อาณาจักรตองอูสิ้นสุดลงเมื่อพระเจ้ามหาธรรมราชาธิบดีถูกพระเจ้าพินนยา ดาลาแห่งอาณาจักรมอญยุคหลังเข้ายึดเมืองอังวะ และจับพระองค์ในฐานะเชลย ก่อนสองปีให้หลัง พระองค์จะถูกประหารชีวิตโทษฐานกบฎ นับเป็นจุดสิ้นสุดราชวงศ์ตองอูที่ปกครองพม่ามานับร้อยปี ก่อนที่ภายหลังอองไจยา เจ้าเมืองชเวโบ ได้สถาปนาราชวงศ์ใหม่และรุกรานอาณาจักรมอญยุคหลังสำเร็จ



แผ่นที่อาณาจักรตองอูยุคพระเจ้าบุเรงนอง