สมเด็จพระนเรศวรน่าจะมีพระโอรสหรือธิดามากกว่าหนึ่งองค์ครับ โดยหลักฐานร่วมสมัยที่เก่าที่สุดที่ระบุว่าสมเด็จพระนเรศวรมีพระเจ้าลูกเธอคือจดหมายเหตุสเปน (History of the Philippines and Other Kingdom) ของบาทหลวงมาร์เชโล เด ริบาเดเนย์รา (Marchelo de Ribadeneira, O.F.M) ที่เขียนขึ้นจากคำบอกเล่าของบาทหลวงนิกายฟรานซิสกันที่เคยพำนักอยู่ในกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. ๒๑๒๕ ปลายรัชสมัยของสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช และ พ.ศ. ๒๑๓๙ ตรงกับต้นรัชสมัยของสมเด็จพระนเรศวร โดยเนื้อความในจดหมายเหตุนี้ได้มีการอธิบายถึงกระบวนพยุหยาตราชลมารคของกษัตริย์อยุทธยาเพื่อออกรับทูตจากกัมพูชา โดยมีเนื้อความตอนหนึ่งที่ได้กล่าวถึงพระอัครมเหสีและพระราชโอรสโดยเสด็จด้วย ความว่า
    
“...เรือสี่ลำเหล่านี้หยุดที่พระอารามแห่งหนึ่งบนชายฝั่ง เพราะพวกเขาคาดหมายว่า พระเจ้าแผ่นดินจะเสด็จพระราชดำเนินเพื่อทรงเจริญพระพุทธมนต์และทรงบำเพ็ญพระราชกุศล ตามติดมาอย่างใกล้ชิดเรือสี่ลำนั้นเป็นเรืออื่น ๆ อีกหลายลำที่ใหญ่กว่านั้น แต่ละลำบรรทุกผู้คนมากมายที่แต่งกายด้วยเครื่องแบบประเภทต่าง ๆ เรือแต่ละลำมีข้าราชการชั้นผู้ใหญ่แห่งพระราชสำนัก ๑ คน แล้วจากนั้นเป็นพระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุดในบรรดาแผ่นดินที่เสด็จปรากฏพระองค์ในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งอย่างหรูหรามาก ตามติดมาเป็นสมเด็จพระอัครมเหสีและสาวสรรกำนัลใน สมเด็จพระอัครมเหสีประทับแต่เพียงลำพังพระองค์ และบรรดานางกำนัลนั่งในเรือลำอื่นตกแต่งอย่างน่าอัศจรรย์ และกั้นด้วยม่านอย่างรอบคอบจนเป็นไปได้ที่จะสามารถมองผ่านม่านจากภายในสู่โลกภายนอกได้ โดยที่คนภายนอกไม่เห็นคนภายใน..”

แค่คำว่า "พระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุด" ก็พออนุมานได้แล้วว่าสมเด็จพระนเรศวรมีพระโอรส และมีมากกว่า ๑ องค์ครับ


เหตุที่พระเจ้าลูกเธอมหาธรรมราชา ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นโอรสของสมเด็จพระนเรศวรไม่ได้ครองราชย์ต่อ ไม่มีหลักฐานกล่าวถึง อาจจะเกิดเหตุการณ์อะไรขึ้นก็ได้แล้วแต่จะลองคิดครับ

กรณีหนึ่งที่เป็นไปได้ คืออาจจะสิ้นพระชนม์ไปก่อนสมเด็จพระนเรศวรแล้ว ซึ่งจะสอดคล้องกับหลักฐานของปีเตอร์ ฟลอริส (Peter Floris) พ่อค้าอังกฤษที่ประจำในปาตานีในต้นรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม หลังสมเด็จพระนเรศวรสวรรคตไปไม่ถึงสิบปี โดยฟลอริสระบุว่าตอนที่สมเด็จพระนเรศวรสวรรคตไม่ทรงมีทายาทแล้ว

“...till anno 1605, whenas the Blacke King deceased withoute any issue. Hee was a man of greate understanding; and lefte his kingdome to his brother who was called the White King, who was verye conveteous man butt injoyed his kingdome in peace, doing no other thing woothy of remembraunce.”

แต่เรื่องนี้ก็น่าแปลกว่าถ้าพระเจ้าลูกเธอมหาธรรมราชา ซึ่งเป็นบุคคลพระเจ้าฝ่ายหน้าสิ้นพระชนม์ไปก่อน ก็น่าจะมีข้อความในพระราชพงศาวดารกล่าวถึงการสิ้นพระชนม์หรืองานพระศพอยู่บ้าง แต่ไม่มีกล่าวถึง แต่อาจเพราะพงศาวดารกรุงศรีอยุทธยาที่ชำระในสมัยรัตนโกสินทร์เองส่วนใหญ่ไม่ได้มีใจความสมบูรณ์ และมีความคลาดเคลื่อนของเหตุการณ์อยู๋บ้าง เป็นไปได้ว่าอาจจะมีการตกหล่นหรือสูญหายของข้อมูลในช่วงเสียกรุงก็ได้ หรืออาจจะมีโอรสธิดาองค์อื่นอยู่ แต่ตัวฟลอริสไม่ทราบเลยไม่ได้กล่าวถึง


อีกกรณีหนึ่ง เป็นไปได้ว่าอาจถูกกีดกันจากราชสมบัติ ซึ่งพบหลักฐานอยู่ในเอกสารร่วมสมัยของดัตช์ที่ระบุว่า  มีเจ้านายไทยองค์หนึ่งไปอยู่ที่ล้านช้างชื่อว่า "เจ้าฟ้าธนะ (Tioufa Tanaw)" โดย พ.ศ.๒๑๕๓ ซึ่งเป็นปีที่สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมได้ราชสมบัติ เกิดกบฏญี่ปุ่นบุกพระราชวังหลวง เจ้าฟ้าธนะพยายามจูงใจให้พระเจ้าล้านช้างเชื่อว่าพระเจ้าทรงธรรมสิ้นพระชนม์จากเหตุนี้แล้ว ล้านช้างจึงยกทัพเข้ามาจะตีกรุงศรีอยุทธยา แต่ว่าไม่สำเร็จ หลังจากนั้นก็ไม่มีหลักฐานกล่าวถึงอีกครับ

บางท่านสันนิษฐานว่า "เจ้าฟ้าธนะ" น่าจะเพี้ยนมาจากคำว่า "ฝ่ายหน้า" และพิจารณาจากคำว่า "เจ้าฟ้า" แสดงว่าต้องเป็นพระโอรสของพระเจ้าแผ่นดิน จึงมีโอกาสเป็นไปได้ที่จะเป็นพระเจ้าลูกเธอมหาธรรมราชา แต่ก็ยังไม่มีหลักฐานสนับสนุนมากพอที่จะสรุปได้ครับ


บางท่านก็ว่าอาจจะถูกสำเร็จโทษหลังผลัดแผ่นดิน หรืออาจจะไม่ได้ครองราชย์จนสิ้นพระชนม์ไปเอง ก็อาจจะเป็นไปได้ทั้งนั้น เพราะไม่มีหลักฐานที่ชัดเจนครับ


สรุปก็คือยังไม่มีข้อสรุปครับ