หลังการถือกำเนิดของธรรมยุตินิกาย   โครงสร้างของคณะสงฆ์ไทยที่พึ่งจะเริ่มตั้งหลักได้หลังการสถาปนากรุงเทพฯ ก็เริ่มสั่นคลอน   การถือกำเนิดของธรรมยุตินิกายก็ด้วยจากเหตุผลหลักของผู้ที่ตั้งว่า  พระสงฆ์หย่อนยานพระวินัย  การสวดมนต์ไม่ถูกต้องตามอักขระโบราณ    ความจริงแล้ว....การแตกแยกของคณะสงฆ์ก็เคยมีมาแล้วตั้งแต่สมัยสุโขทัยที่พ่อขุนรามคำแหงทรงนิมนต์พระภิกษุจากเมืองนครศรีธรรมราชเข้ามาประดิษฐานในแคว้นสุโขทัย  จึงทำให้เกิดสงฆ์ขึ้นสองกลุ่มคือกลุ่มเดิม  กับกลุ่มใหม่  ที่เรียก”อรัญวาสี” กับ “คามวาสี”   หรือในรัชสมัยของสมเด็จพระอินทราชา(อยุธยา)ก็ทรงนิมนต์พระจากลังกาเข้ามาฟื้นฟูพระพุทธศาสนา  และจัดตั้งเป็นคณะสงฆ์นิกายใหม่เรียกว่า “คณะป่าแก้ว”    อย่างไรก็ตามเหตุการณ์ทั้งสองนั้น  ไม่ได้มีการแตกแยก ร่วมกันลงพระอุโบสถ  ไม่มีการตำหนิวัตรและพระวินัยของกันและกัน  และไม่ได้แตกแยกเป็นนิกายอย่างชัดเจนเหมือนกรณี  ธรรมยุติ กับ มหานิกายในปัจจุบันนี้


การกำเนิดธรรมยุตินิกายนอกจากจะทำให้พระสงฆ์ฝ่ายมหานิกายน้อยเนื้อต่ำใจอยู่ไม่น้อย   ด้วยว่า  ทางราชสำนักให้ความสำคัญและสนับสนุนคณะสงฆ์ธรรมยุติจนเห็นได้ชัด  และด้วยคณะสงฆ์มหานิกายเป็นนิกายอันดั้งเดิมและถูกฟื้นฟูหลังจากการเสียกรุงครั้งที่สองและเจริญรุ่งเรืองเรื่อยมา   โดยเฉพาะอย่างยิ่งในรัชสมัยของสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าฯ พระองค์ทรงทำนุบำรุงฟื้นฟูด้านศาสนาจนกลายเป็นศูนย์กลางทางพระพุทธศาสนาในภาคพื้นอาคเนย์    หลังจากคณะสงฆ์ธรรมยุตินิกายถือกำเนิดได้ไม่นาน   พระราชบัญญัติสงฆ์ก็ถือกำเนิดตามเรียกว่า พรบ.สงฆ์ ร.ศ ๑๒๑   ตำแหน่งพระราชาคณะชั้นสูงโดยเฉพาะอย่างยิ่งตำแหน่งสังฆราชก็ตกไปอยู่ที่ฝ่ายคณะสงฆ์ธรรมยุติแทบทั้งสิ้น   พระอารามหลวงหลายแห่งก็ขอเปลี่ยนสถานะจากวัดมหานิกายเป็นวัดฝ่ายธรรมยุติ   แต่ก็มีอีกหลายวัดที่ยังคงสถานะเดิม เช่นวัดโพธิ์  วัดมหาธาตุ  วัดสุทัศน์  วัดเบญฯ    วัตรต่างๆ ของพระได้ถูกเปลี่ยนแปลงเพื่อที่ให้เห็นความแตกต่างของสองนิกาย เช่นการห่มผ้าจีวร(หรือแม้แต่สีของผ้าจีวร)  สำเนียงการสวดมนต์   รวมไปถึงการลงพระอุโบสถ



มีการเพียรพยายามที่จะรวมพระสงฆ์ทั้งหมดให้เป็นนิกายเกียวกันเหมือนเมื่อครั้งก่อน  แต่ก็ไม่ได้ประสบผลสำเร็จ    ด้วยว่าพระสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติไม่ต้องการ  หรือถ้าจะรวมกันได้สงฆ์ฝ่ายมหานิกายก็ต้องอยู่ในนามธรรมยุติ   พระบาทสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง ร.๕ ทรงพยายามอย่างยิ่งที่จะให้มีการรวมพระสงฆ์สองนิกาย   แต่ก็ได้รับการปฏิเสธจากสมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรรส(สมเด็จพระสังฆราชเจ้า)ด้วยมีพระราชหัตเลขาถึง ร.๕ว่า “.....การจะคิดคุมธรรมยุตินิกายกับหานิกายให้กลมเกลี่ยวได้นั้นได้เพียงเคอตเตอสิ(curtesy ผมแปลว่าโดยมารยาท:วัชรานนท์)  จะให้ถูกอัธยาศัยกันนั้นเห็นไม่ได้....................และตนเอง(สมเด็นมหาสมณเจ้าฯ)เป็นธรรมยุติกา  ไม่สามารถจะตั้งเป็นศูนย์กลางสรรพการที่เป็นหน้าที่หรือเกี่ยวกับมหานิกาย  อาตมาภาพจะรับฉลองพระเดชพระคุรได้แต่เพียงใต้เปรซิเดนซ์(การปกครอง)ของธรรยุติกา...) _{ลายราชหัตเลขาสมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ถึง ร.๕ ๑๕ พฤศจิกายน ร.ศ.๑๑๘}      



ในวันถัดมา  ในระหว่างที่การสร้างวัดเบญจมบิตร  พระพุทธเจ้าหลวงทรงมีราชหัตถเลขาถึงเจ้าฟ้ากรมขุนนริศรานุวัตติวงศ์ในเชิงระบายพระทัยต่อกรณีพระสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติและมหานิกายความว่า “....เรื่องสร้างวัดฉันไปเกิดมีทิษฐิเสียแล้ว   แรกที่คิดจะสร้างได้เล่าให้กรมหมื่นวชิรญาณ(พระมหาสมณเจ้าฯ)ฟัง  ดูท่านเข้ามาพลอยกุลีกุจอด้วย ท่านออกสบัดๆ ไปเหมือนกับจะระแวงว่าเป็นพลอยช่วยเกื้อกูลความรุ่งเรืองของมหานิกาย.....”  _{พระราชหัตเลขาของร.๕ถึงเจ้าฟ้ากรมขุนนริศรานิวัติวงศ์ ๑๖ พฤศจิกายน ร.ศ๑๑๘}



ปัญหาระหว่างธรรมยุติกับมหานิกายยังขยายวงกว้างข้ามแม่น้ำโขงไปยังประเทศลาว  เมื่อพระสงฆ์ในลาวได้รับเอาธรรมยุติจากทางภาคอีสาน   การเมืองสงฆ์ระหว่างธรรมยุติและมหานิกายในประเทศลาวเองก็ละเอียดอ่อนและจู้จี้จุกจิกเหมือนไทย   สุดท้ายเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงการปกครองสู่ระบบสังคมนิยม   รัฐบาลได้ใช้ไม้แข็งรวมคณะสงฆ์สองนิกายเข้าด้วยกัน   หั่นตำแหน่งพระราชาคณะสมณะศักดิ์ต่างๆ ของพระสงฆ์ ลงให้เหลือไม่กี่ตำแหน่ง หลักๆ ก็คือ ๑.พระยอดแก้ว(เทียงสังฆราช) ๒.พระลูกแก้ว ๓. พระหลักคำ ๔.พระครู ๕.พระชา ๖.สมเด็จ



ในช่วงระยะ๒๕ ปีที่ผ่านมา   ไม่มีการแต่งตำแหน่งพระสังฆราชสองครั้ง  และเป็นที่น่าสังเกตุว่าทั้งสองครั้งนั้น  พระราชาคณะที่อาวุโสสูงสุดเป็นฝ่ายมหานิกายทั้งสองกรณี
๑.     สมเด็จพระพุฒาจารย์ (อาจ  อาสโภ)วัดมหาธาตุ  ถูกแต่งตั้งให้เป็นรักษาการแทนสังฆราช
๒.    สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง)  วัดปากน้ำ ถูกแต่งตั้งให้รักษาการฯ

ย้อนกลับไปร้อยกว่าปีก็เช่นกัน   ตำแหน่งสังฆราชถูกปล่อยให้ว่างลงหลายปี   ทั้งๆ ที่สมเด็จพระพุฒาจารย์( โต  พรมรังสี) ก็เป็นพระเถระที่อาวุโสควรต่อตำแหน่ง หรือเพียงเพราะว่าท่านเป็นพระฝ่ายมหานิกาย??