ชาวพุทธที่ไม่ได้ศึกษาหลักคำสอนของพระพุทธเจ้าให้เข้าใจอย่างถูกต้อง ก็จะมีความเชื่อกัน (ผิดๆ) ว่า ปฏิจจสมุปบาทที่พระพุทธเจ้าทรงแสดงเอาไว้นั้นคือการอธิบายถึงเรื่องการเวียนว่ายตาย-เกิดทางร่างกายตามที่เชื่อกันอยู่ ซึ่งความเชื่อนี้เองที่เป็นสาเหตุให้เกิดความเชื่อเรื่องนรกใต้ดิน สวรรค์บนฟ้า เทวดา นางฟ้า และเรื่องกรรมชนิดข้ามภพข้ามชาติ เป็นต้น ขึ้นมา

แต่ในความเป็นจริงนั้น ปฏิจจสมุปบาทนี้คือการอธิบายถึงระบบการทำงานของจิตมนุษย์ขณะที่กำลังเกิดอยู่ความทุกข์อยู่และขณะที่ความทุกข์ได้ดับลงไป โดยในขณะที่จิตของเรากำลังเกิดความทุกข์อยู่นั้น จะมีอาการต่างๆทยอยผลักดันกันเกิดขึ้นมาอย่างรวดเร็วถึง ๑๒ อาการ แต่ในการอธิบายปฏิจจสมุปบาทนั้นจะใช้ภาษาคนมาแสดง ดังนั้นเราจะต้องมาตีความให้เป็นภาษาธรรมเสียก่อนจึงจะเข้าใจ ซึ่งมีดังนี้

อวิชชา หมายถึง ความรู้ว่ามีตัวเรา (ตนเอง)
สังขาร หมายถึง การปรุงแต่งของจิตที่กระทำโดยอัตโนมัติอย่างรวดเร็ว
วิญญาณ หมายถึงการรับรู้ตามระบบประสาททั้ง ๖ ของร่างกาย
นามรูป หมายถึง ขันธ์ ๕
สฬายตนะ หมายถึง อายตนะภายใน ๖
ผัสสะ หมายถึง การสัมผัสทางอายตนะภายใน ๖
เวทนา หมายถึง ความรู้สึกที่เกิดจากผัสสะ
ตัณหา หมายถึง ความอยาก ซึ่งมี ๓ อาการ คืออยากได้ความสุข, อยากอยู่กับความสุขตลอดไป, ไม่อยากได้และไม่อยากอยู่ในสภาพที่เป็นทุกข์
อุปาทาน หมายถึง ความยึดถือขันธ์ ๕ ว่าเป็นตัวเรา-ของเรา
ภพ หมายถึง ความมีความเป็นที่เกิดขึ้นมาในจิตตามอุปาทาน
ชาติ จะหมายถึง การเกิดตัวตนขึ้นมาในจิตตามภพ
ทุกข์ หมายถึง ความทุกข์ของจิต เช่น ความเศร้าโศก ความเสียใจ ความแห้งเหี่ยวใจ เป็นต้น

สรุปให้สั้นที่สุดก็คือ เมื่อเกิดความยึดถือว่ามีตัวเราขึ้นมาเมื่อใด จิตที่ยึดถือนี้ก็จะเกิดความทุกข์ขึ้นมาทันที แต่อธิบายย่อๆได้ว่า เดิมทีนั้นจิตของเรามันจะประภัสสร (คือบริสุทธิ์ หรือเป็นขันธ์ที่บริสุทธิ์อยู่แล้วตามธรรมชาติ คือยังไม่มีความรู้สึกหรือยึดถือว่ามีตัวตนของใครๆ) แต่เมื่อเกิดอวิชชาขึ้นมา อวิชชามันก็จะครอบงำจิต ทำให้จิตเกิดการปรุงแต่งไปตามอวิชชา (คือปรุงแต่งไปด้วยความรู้ว่ามีตัวเรา)  เมื่อจิตปรุงแต่งไปด้วยความรู้ว่ามีตัวเราแล้ว มันก็ไปกระตุ้นวิญญาณที่บริสุทธิ์อยู่แล้วตามธรรมชาติให้เกิดเป็นวิญญาณ หรือการรับรู้ที่ไม่บริสุทธิ์ ว่ามีตัวเราเป็นผู้รับรู้ตามอำนาจของอวิชชาขึ้นมาทันที เมื่อวิญญาณเกิดขึ้น ขันธ์ที่เหลือทั้งหมดจึงเกิดขึ้นตามมาเป็นความรู้สึกว่ามีตัวเราขึ้นมาทันที (คือเกิดขันธ์ ๕ ที่ไม่บริสุทธิ์เพราะรู้สึกว่ามีตัวเราในอยู่ในขันธ์ ๕ ขึ้นมาแล้ว)

เมื่อเกิดขันธ์ ๕ ขึ้นมาแล้วก็ย่อมเกิดอายตนะภายใน ๖ (คือตา หู จมูก ลิ้น กาย และใจ) ขึ้นมาด้วยทันที เมื่อมีอายตนะภายนอก (คือรูป เสียง กลิ่น รส โผฏฐัพพะ ธรรมารมณ์) มากระทบที่อายตนะภายในใดก็ตาม ย่อมจะเกิดผัสสะหรือการสัมผัสขึ้นมาทันที  (คือมีวิญญาณเกิดขึ้นมาด้วยแล้ว) เมื่อมีผัสสะก็จะมีเวทนา (ความรู้สึก ซึ่งมีอยู่ ๓ ชนิด คือสุขเวทนา หรือความสุข, ทุกขเวทนา คือความทุกข์, และอทุกขมสุขเวทนา คือความรู้สึกไม่สุขไม่ทุกข์) เมื่อมีเวทนาก็ทำให้จิตเกิดตัณหา (คือความอยากได้สุขเวทนา ไม่อยากได้ทุกขเวทนา) ขึ้นมาทันที เมื่อมีตัณหา ก็จะเกิดความยึดถือว่ามีตัวเราที่เป็นผู้มีตัณหาขึ้นมาด้วยทันที เมื่อมีอุปาทานก็จะทำให้จิตเกิดความรู้สึกว่ามีตัวเราที่เข้มข้นขึ้นมาในภาวะต่างๆ (คือเกิดความยึดถือว่ามีตัวเราที่มีกามที่เรียกว่า กามภพ (เรื่องทางเพศ) , มีตัวเราที่มีรูป(วัตถุ) ที่เรียกว่า รูปภพ, มีตัวเราที่มีอรูป (เกียรติยศชื่อเสียง) ที่เรียกว่า อรูปภพ) เมื่อภพแก่กล้าก็จะเกิดตัวเรา (การเกิดทางจิตใจ ที่เรียกว่าโอปปาติกะกำเนิด) ขึ้นมาอย่างเข้มข้นในจิตที่มีอวิชชาครอบงำนี้ทันที  และเมื่อมีตัวเราเกิดขึ้นมาแล้ว ตัวเรานี้ก็ย่อมที่จะมาประสบกับสภาวะที่ไม่น่ายินดีของขันธ์ ๕ และสิ่งที่แวดล้อมที่ยึดถืออยู่ เช่นร่างกายแก่ เจ็บ กำลังจะตาย หรือชีวิตกำลังพลัดพรากจากบุคคลหรือสิ่งอันเป็นที่รักอยู่ กำลังประสบกับบุคคลหรือสิ่งที่น่าเกลียดน่ากลัวอยู่ หรือกำลังผิดหวังอย่างรุนแรงอยู่ จึงทำให้จิตที่ยึดถือว่าเป็นตัวเรานี้เกิดความเศร้าโศกหรือเสียใจ หรือแห้งเหี่ยวใจ ร้อนใจ ตรอมใจ ไม่สบายใจ เป็นต้นขึ้นมาทันที

แต่ถ้าจิตนี้มีสติและดึงเอาปัญญา (ความเข้าใจว่าแท้จริงมันไม่ได้มีตัวเรา) พร้อมทั้งมีสมาธิออกมา อวิชชาก็จะไม่เกิด หรือที่กำลังเกิดอยู่ก็จะดับหายไป จิตนี้ก็จะไม่เกิดการปรุงแต่งด้วยอวิชชา แล้ว วิญญาณและขันธ์ ๕ ก็จะยังคงบริสุทธิ์อยู่อย่างเดิม คือไม่เกิดความรู้สึกว่ามีตัวเราขึ้นมาในขันธ์ ๕ แล้วอายตนะภายใน ๖ ก็เท่ากับไม่มีหรือไม่เกิดขึ้น และผัสสะ เวทนา ตัณหา อุปาทาน ภพ ชาติและความทุกข์ก็จะไม่เกิดขึ้น

สรุปว่าปฏิจจสมุปบาทก็คือ ระบบการทำงานของจิตที่ลึกซึ้งและรวดเร็วยิ่งกว่าสายฟ้าแลบ ซึ่งอวิชชา และกิเลส (ตัณหา) อุปาทานนั้น มันก็เพียงสิ่งที่มากระตุ้นให้เกิดภพ และชาติรวมทั้งความทุกข์ ขึ้นมาภายในจิตเท่านั้น มันไม่ได้มีอำนาจอะไรที่จะส่งกระแสหรือพลังอะไรออกไปนอกจิตเพื่อให้เกิดภพหรือชาติตามที่เชื่อกันอยู่ผิดๆได้เลย จึงขอให้ชาวพุทธเข้าใจเรื่องปฏิจจสมุปบาทของพระพุทธเจ้าเสียใหม่ว่าเป็นเรื่องสันทิฏฐิโก คือต้องเห็นเอง อกาลิโก คือไม่มีเรื่องเวลามาครั่นกลาง (อย่างเช่นที่เชื่อกันว่า กิเลสตัณหาในชาติก่อน เป็นเหตุทำให้เกิดตัวเราขึ้นมาในชาตินี้ และกิเลสตัณหาในชาตินี้ก็จะเป็นเหตุให้เกิดตัวเราขึ้นมาได้ใหม่ในชาติหน้า เป็นต้น) โอปนยิโก คือต้องน้อมเข้ามาศึกษาในตัวเรา และปัจจัตตังเวทิตัพโพวิญญูหิ คือเป็นสิ่งที่จะรู้ได้เฉพาะตนเท่านั้น