ปัญหาและอุปสรรคของ ERP ต่อการใช้ในองค์กร
การจะนำระบบ ERP มาใช้ทดแทนรูปแบบการดำเนินงานเดิมขององค์กร ย่อมมีปัญหาและอุปสรรคได้เช่นเดียวกับการดำเนินงานในด้านอื่นๆ คือ
    - ขาดการกำหนดเป้าหมายและวัตถุประสงค์ที่ชัดเจน จึงไม่สามารถกำหนดดัชนีวัดความสำเร็จของการดำเนินงานได้
    - ระบบ ERP ที่จัดหาหรือพัฒนาขึ้นมา ไม่เหมาะสมกับรูปแบบธุรกิจขององค์กร
    - ผู้นำไม่สามารถปฏิรูปหรือเปลี่ยนแปลงวัฒนธรรมองค์กร
    - ผู้ปฏิบัติงานขาดทักษะและความพยายามเปลี่ยนแปลงการดำเนินงานด้วยระบบ ERP
นอกจากนี้ ปัญหาและอุปสรรคสำคัญของการนำระบบ ERP มาปรับใช้ ให้องค์กรมีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น คือ การขาดความรู้ ความเข้าใจในระบบ ERP ของผู้ประกอบการหรือผู้บริหารองค์กร