ครูบาเจ้าศรีวิชัยเป็นชาวเมืองลี้ นครลำพูน มีพื้นเพเป็นคนยากจนเชื้อสายกะเหรี่ยงหรือที่ชาวล้านนาเรียกอย่างเหยียดหยันว่า “ยาง” จึงนับว่าเป็นคนชายขอบกลุ่มหนึ่งของสังคมล้านนา เดิมครูบาเจ้าศรีวิชัยคงไม่ได้ตั้งใจจะเป็นตนบุญตั้งแต่แรกเพราะในวัยหนุ่ม ครูบาเจ้าศรีวิชัยก็ไม่ได้คาดว่าจะบวชเป็นพระภิกษุตลอดชีวิต เพียงแต่มาบวชเรียนให้ได้วิชาความรู้ติดตัวเท่านั้น อย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวของครูบาเจ้าศรีวิชัยเริ่มต้นขึ้นจากการ “ต้องอธิกรณ์”หรือการถูกกล่าวหาเป็นคดีความในคณะสงฆ์ ซึ่งตลอดชีวิตของครูบาเจ้าศรีวิชัยต้องอธิกรณ์ถึง 6 ครั้งด้วยกัน การต้องอธิกรณ์ครั้งแรกของครูบาศรีวิชัยนั้น เป็นเหตุเนื่องด้วยการปะทะกันระหว่างระเบียบการเป็นพระอุปัชฌาย์แบบล้านนากับแบบสยาม กล่าวคือครูบาเจ้าศรีวิชัยเป็นผู้ที่ได้รับการยอมรับตามจารีตสงฆ์แบบล้านนาดั้งเดิมให้เป็น “เจ้าหัวหมวด” หรือเป็นผู้ปกครองคณะสงฆ์รวมถึงเป็นพระอุปัชฌาย์ของวัดต่าง ๆ ในหัวหมวดอุโบสถแขวงเมืองลี้ 

อย่างไรก็ตาม ในช่วงเวลาดังกล่าว รัฐบาลสยามได้เข้ามาเปลี่ยนแปลงโครงสร้างและระเบียบการปกครองสงฆ์ของนครลำพูน และแต่งตั้งให้ “มหาอินทร์” หรือ “พระครูมหารัตนากร” ซึ่งเป็นพระสงฆ์ที่ได้รับการศึกษาจากกรุงเทพ ฯ ขึ้นเป็นเจ้าคณะแขวงลี้ ส่งผลให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยเป็นพระอุปัชฌาย์ตามจารีตล้านนา ในขณะที่พระครูมหารัตนากรเป็นพระอุปัชฌาย์ตามกฎหมายสยาม ก่อให้เกิดความไม่ลงตัวว่าระหว่างพระสงฆ์สองรูปนี้ว่ารูปใดจะเป็นผู้ที่สามารถอุปสมบทกุลบุตรในแขวงเมืองลี้ได้

การเคลื่อนไหวของตนบุญครูบาเจ้าศรีวิชัยนั้นแตกต่างจากการเคลื่อนไหวของตนบุญท่านอื่น ๆ ที่ผ่านมาเนื่องจากเป็นการเคลื่อนไหวแบบสันติวิธี ไม่ใช้ความรุนแรงในการเคลื่อนไหวแต่อย่างใด ในขณะที่ตนบุญรุ่นก่อน ๆ ต่อต้านขัดขืนอำนาจรัฐด้วยการใช้อาวุธ ครูบาเจ้าศรีวิชัยกลับใช้ศาสนาพุทธซึ่งเป็นสิ่งยึดเหนี่ยวจิตใจที่สำคัญของคนล้านนาเป็นอาวุธต่อสู้แทน


ความขัดแย้งของครูบาศรีวิชัยอยู่ในช่วง พ.ศ. 2446 ช่วงที่มีการตราพระราชบัญญัติปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 ขึ้น นับตั้งแต่ พ.ศ. 2450 เป็นต้นมา
สถาบันสงฆ์ล้านนาได้ถูกปรับเปลี่ยนโครงสร้าง สงฆ์บางกลุ่มถูกดึงดูดเข้าไปอยู่ภายใต้การอุปถัมภ์จากองค์กรปกครองสงฆ์ส่วนกลาง  
โดยการได้รับตำแหน่งและสมณศักดิ์ในฐานะผู้ปกครองสงฆ์ท้องถิ่น มีหน้าที่ีคอยดูแลควบคุมคณะสงฆ์ท้องถิ่น 
การปฏิรูปครั้งนั้นทำให้องค์กรสงฆ์ล้านนา เริ่มถูกสลายตัวลงเรื่อยๆ ผ่านการจัดระเบียบการปกครองสงฆ์ใหม่

คณะสงฆ์ฝ่ายปกครองมีความเห็นว่าอิทธิพลครูบาศรีวิชัยมีความแข็งกล้า กระทำการดื้อดึงต่อเจ้าคณะสงฆ์หลายประการ อย่างการไม่ร่วมอุโบสถ
สังฆกรรมกับคณะสงฆ์หมู่เดิม ทำให้เหตุการณ์ต่างๆ เริ่มบานปลายเมื่อวัดต่างๆ ขอแยกตัวออกไปกว่า 90 วัด ทำให้ครูบาศรีวิชัยถูกส่งตัวไปที่กรุงเทพฯ เพื่อระงับเหตุบานปลาย พระสงฆ์ที่ถูกบวชโดยครูบาวิชัยถูกสั่งให้สึกและมีการแจ้งข้อหาครูบาศรีวิชัยเพิ่มอีกข้อหาหนึ่ง 
คือการตัดไม้ทำลายป่าที่เกิดจากการสร้างถนนขึ้นพระธาตุดอยสุเทพโดยไม่ได้รับอนุญาตจากทางการ

หลังจากข้อกล่าวหาดังกล่าว ครูบาศรีวิชัยถูกส่งตัวไปยังกรุงเทพฯ ซึ่งสร้างความไม่พอใจแก่พระสงฆ์และฆราวาสอย่างมาก ทำให้สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดเชียงใหม่ขณะนั้น คือ หลวงศรีประกาศ ทำเรื่องที่ประชุมคณะรัฐมนตรีให้มีการปล่อยตัวครูบาศรีวิชัยกลับ ทำให้ประเด็นดังกล่าวถูกโยง
เข้ากับประเด็นทางการเมือง ซึ่งเหตุการณ์ที่ต้องอธิกรณ์ครั้งที่ 3  นี้ กินเวลามาถึง พ.ศ. 2479  ครูบาศรีวิชัยจึงยอมรับต่อคณะสงฆ์ฝ่ายปกครอง
ว่าจะปฏิบัติตามพระราชบัญญัติลักษณะปกครองสงฆ์ทุกประการ

ท้ายที่สุดแม้ว่าครูบาศรีวิชัยจะยอมปฏิบัติตามคณะสงฆ์ฝ่ายปกครองแล้ว ภายหลังที่ครูบาศรีวิชัยมรณภาพไปแล้ว ยังคงมีความเชื่อ 
ความศรัทธาเลื่อมใสในครูบาศรีวิชัยคงอยู่ และถูกสืบทอดผ่านทางลูกศิษย์จนถึงปัจจุบัน