สาเหตุมาจากการตรวจสอบ F-35A จำนวน 14 ลำจาก 24 ลำ พบปัญหาที่ท่อฉีดไนโตรเจนบริสุทธิ์(ก๊าซเฉื่อย)เข้าถังน้ำมันของเครื่องบินเพื่อป้องกันถังน้ำมันระเบิดจากฟ้าผ่า OBIGGS (On-Board Inert Gas Generation System).  ทำให้ตอนนี้มีคำแนะนำ F35A ต้องบินให้ห่างเขตฟ้าผ่าหรือพายุฟ้าคะนองอย่างน้อย 25 ไมล์ไปก่อน

จากปัญหานี้ทำให้โรงงานล็อกฮีดมาร์ตินหยุดส่งมอบเครื่องบินไป 21 วัน(2-23 มิถุนายน) เพื่อตรวจสอบแต่อย่างไรก็ตามทางโรงงานกล่าวว่าปัญหาท่อส่งก๊าซไนโตรเจนเกิดขึ้นระหว่างใช้งาน แต่เครื่องออกจากโรงงานไม่พบปัญหานี้

ปัญหานี้พบเฉพาะ F-35A ส่วนรุ่นอื่น B และ C ไม่มีปัญหา ไม่ใช่ปัญหาใหม่เพราะช่วงทศวรรษ 2010 เคยเกิดปัญหานี้จนเคยมีคำเตือนหลีกเลี่ยงบินขณะฝนฟ้าคะนอง  และต่อมามีการออกแบบใหม่ OBIGGS (On-Board Inert Gas Generation System). เมื่อปี 2014

https://www.defensenews.com/air/2020/06/24/the-f-35-lightning-ii-cant-fly-in-lightning-once-again/