ชาวมุสลิม หรือที่เรียกกันว่า แขก มีหลักฐานว่าได้เดินทางเข้ามาตั้งแต่สมัยต้นอยุธยา โดยมาจากดินแดนอาระเบียและเปอร์เซีย ทั้งนี้ชาวมุสลิมจะมีบทบาททั้งด้านเศรษฐกิจ การค้า และด้านการปกครอง
ชาวมุสลิมในอยุธยามี 2 นิกายด้วยกัน คือ นิกายชีอะห์ ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวอิหร่านและเชื้อสาย ส่วนนิกายสุหนี่ จะเป็นเชื้อสายจากอาหรับ อินโดนีเซีย มลายู และปัตตานี
ชุมชนมุสลิมส่วนใหญ่อยู่ทางตอนใต้ของพระนคร นอกเกาะเมือง มีสุเหร่าแขกที่ปากคลองคูจาม มีพระจุฬาราชมนตรี เป็นเจ้ากรมท่าขวา ผู้ควบคุมดูแลชาวมุสลิม

มัวร์
มัวร์ หรือ แขกมัวร์ เป็นคำที่ใช้เรียกชาวมุสลิมโดยรวมที่มาจากเปอร์เซีย อาหรับ อาณาจักรออตโตมาน และอินเดีย
ในสมัยพระนารายณ์มีพวกมัวร์อยู่กว่า 3,000 คน ในพระนครนั้นมีถนนบ้านแขก ซึ่งเป็นอิฐที่ดีสายหนึ่งของอยุธยา มีอาคารอิฐสองฟากฝั่ง พวกมัวร์ฟั่นเชือกขายแก่พวกเรือกำปั่นและสำเภา ทั้งฟั่นชุดจุดบุหรี่ด้วยเปลือกมะพร้าวขายด้วย ส่วนเชิงสะพานชีกุนตะวันตกเป็นตลาดชีกุน มีพวกแขกนั่งร้านขายกำไลมือกำไลเท้า ปิ่นปักผม แหวนต่าง ๆ และเครื่องประดับที่ทำด้วยทองเหลือง
ในด้านการค้า มัวร์เป็นพ่อค้าที่นำสินค้าจากโลกมุสลิมมายังอยุธยา เช่น น้ำกุหลาบ พรมเปอร์เซีย อัญมณี เครื่องทอง ม้าอาหรับ ส่วนสินค้าออกจากอยุธยา เช่น พริกไทย กำยาน การบูร สำหรับสินค้าราคาดีที่ราชสำนักอยุธยาส่งขายยังอินเดียและเบงกอล คือ ช้าง ในปีหนึ่ง ๆ นั้น มีการส่งออกช้างที่เชื่องแล้วถึง 300 – 400 เชือก

เปอร์เซีย
เปอร์เซีย หรือ แขกมะหง่ล หรือ แขกเจ้าเซ็น เป็นชื่อที่ใช้เรียกชาวอิหร่านและเชื้อสาย เชื่อว่าได้เดินเรือค้าขายกับสยามและดินแดนในแถบนี้มาตั้งแต่ก่อนการสถาปนาอยุธยา พร้อมกับนำศาสนาและวัฒนธรรมแบบโลกมุสลิมมาสู่สยาม
ชาวเปอร์เซียในอยุธยาโดยทั่วไป คือ ชาวอินโด – อิหร่าน เพราะพ่อค้าชาวอิหร่านเริ่มเข้าไปตั้งชุมชนอยู่ตามเมืองท่าในอินเดียก่อน ชาวอิหร่านจำนวนมากได้แต่งงานกับสตรีพื้นเมืองอินเดีย ทำให้ลูกหลานมีเลือดผสมที่เรียกว่า กลุ่มชาติพันธุ์อินโด – อิหร่าน คนเหล่านี้ได้ขยายชุมชนและสถานีการค้าไปสู่ตอนใต้ของพม่า อยุธยา มลายู เรื่อยไปจนถึงเมืองจีน
แต่เดิมชุมชนชาวเปอร์เซียตั้งอยู่นอกเกาะพระนครศรีอยุธยา ต่อมาในสมัยพระเจ้าทรงธรรม ผู้นำชุมชนเชื่อ เฉกอะหมัด ได้เลื่อนตำแหน่งเป็นเสนาบดีกรมมหาดไทย จึงได้รับพระราชทานที่ดินในเขตกำแพงพระนครให้ตั้งศาสนสถานและบ้านพักอาศัย ลูกหลานของเฉกอะหมัดได้มีบทบาทและอิทธิพลทางการเมืองการปกครองและการค้าสืบต่อมาถึงสมัยรัตนโกสินทร์
ในสมัยพระนารายณ์ มีการจ้างทหารเปอร์เซียจากอินเดียมาเป็นทหารรักษาพระองค์ถึง 200 คน
ศิลปวัฒนธรรมเปอร์เซียในอยุธยามีปรากฏอยู่ในงานหลายแขนง เช่น การสร้างซุ้มประตูโค้งแหลมตามอย่างศิลปะโมกุลที่วังนารายณ์ราชนิเวศน์ จังหวัดลพบุรี และที่วัดกุฎีดาว เป็นต้น ศิลปะการลงยาราชาวดี ซึ่งเป็นเทคนิคของช่างมุสลิม และมีปรากฏในวรรณกรรมไทย เช่น นิทานอิหร่านราชธรรม ตลอดทั้งคำที่ใช้ในภาษาไทย เช่น ภาษี มาจากคำ บักซี , กุหลาบ มาจาก กุลาบ , องุ่น มาจาก อังงุล ฯลฯ

มลายู – ชวา – ปัตตานี
ในสมัยอยุธยาตอนต้น มีหลักฐานว่ามีการนำทาสชายหญิงจากมะละกาเข้ามาขาย และซื้อคนชวามาเป็นทาส นอกจากนี้ยังมีการกวาดต้อนชาวมลายูและปัตตานีเข้ามายังอยุธยา เมื่อมีการทำสงครามปราบหัวเมืองมลายู
ชุมชนมลายูอยู่ใกล้กับบ้านโปรตุเกส ส่วนแขกตานีหรือปัตตานี ตั้งบ้านเรือนอยู่แถบคลองตะเคียน ริมวัดลอดช่อง พวกแขกตานีทอผ้าไหมผ้าด้าย เป็นผ้าพื้นผ้าม่วงเกลี้ยงม่วงดอกขาย ทั้งยังมีพ่อค้าแขกมลายู – ชวา – ตานี นำสินค้าจากถิ่นตนเองเข้ามาขายยังอยุธยาโดยจอดเรือค้าที่ปากคลองคูจาม มีสินค้า เช่น หมาก หวาย และของทะเล
ในคราวกบฏมักกะสันตอนปลายสมัยพระนารายณ์ ชาวมลายูได้ถูกระดมกำลังถึง 300 คนให้เข้าร่วม แต่เมื่อชาวมลายูรู้ว่าจะต้องทำการกบฏจึงพากันถอนตัว ดังนั้น ในเหตุการณ์คราวนี้ หมู่บ้านชาวมลายูที่อยู่ติดกับหมู่บ้านแขกมักกะสัน จึงรอดพ้นจากการถูกปราบปรามทำลาย

มักกะสัน
แขกมักกะสัน เป็นกลุ่มชนจากเมืองมากัสซาร์ เกาะซีลีเบส ประเทศอินโดนีเซีย มีชุมชนอยู่ใต้หมู่บ้านมลายู
ในปลายสมัยพระนารายณ์ พ.ศ. 2229 ชาวมักกะสันได้เป็นกลุ่มนำทำการกบฏเพื่อต่อต้านพระนารายณ์ ออกญาวิชาเยนทร์ และศาสนาคริสต์ โดยมีขุนนางไทยกลุ่มหนึ่งหนุนหลัง เพื่อจะยกพระอนุชาของพระนารายณ์ขึ้นเป็นกษัตริย์แทน แต่ข่าวการกบฏรั่วไหลเสียก่อน ทหารฝ่ายอยุธยา จำนวน 1,500 คน ภายใต้การนำของออกญาวิชาเยนทร์ ได้ทำการปราบกบฏแขกมักกะสันที่มีกว่า 100 คน ทั้งเผาทำลายหมู่บ้านมักกะสันทิ้งอย่างราบคาบ
กบฏชาวมักกะสัน ซึ่งมีเพียงกริชเป็นอาวุธ ได้รับการกล่าวขานถึงโดยชาวฝรั่งเศสว่าเป็นพวกใจกล้าบ้าบิ่น ดุร้าย ไม่กลัวความตาย พร้อมที่จะสู้จนตัวตาย เหตุการณ์ครั้งนี้นับศพมักกะสันได้ 42 ศพ (ไม่รวมที่ยังจม หรือ ลอยไปตามน้ำ) จับเป็นได้ 33 คน และแต่ละคนถูกแทงเสียจนนับไม่ถ้วน

จาม
แขกจาม เป็นผู้อพยพมาจากอาณาจักรจามปา ซึ่งอยู่ในเขตเวียดนาม ตอนกลาง – ใต้ เป็นชุมชนมุสลิมซึ่งปรากฏในแผนที่สมัยพระนารายณ์ว่าตั้งอยู่ในกำแพงพระนคร
ชาวจามมีบทบาทในฐานะเป็นทหารอาสาคือ กรมอาสาจาม มีพระราชวังสันเป็นเจ้ากรม กรมนี้ยังมีสืบเนื่องมาจนถึงสมัยรัตนโกสินทร์ ถึงแม้ว่าอาณาจักรจามปาจะล่มสลายไปแล้ว โดยถูกเวียดนามครอบครองเมื่อตอนปลายสมัยอยุธยา
ในอยุธยา ชาวจามมีอาชีพสานเสื่อลานไตขาย ส่วนชาวจามแถววัดแก้วฟ้าและวัดลอดช่องนั้น ทอผ้าส่งขายตลาดป่าผ้าเขียว 

เดียวมาต่อ มุสลิมในธนบุรี