ประวัติศาสตร์การใช้ธงเป็นสัญลักษณ์ของประเทศไทย สามารถสืบได้แต่เพียงความว่า มีการใช้ธงสำหรับเป็นเครื่องหมายของกองทัพกองละสีและใช้ธงสีแดงเป็นเครื่องสำหรับเรือกำปั่นเดินทะเลทั่วไปมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี และยังไม่มีธงชาติไว้ใช้ดังที่เข้าใจในปัจจุบัน

ในพระนิพนธ์ของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้กล่าวตามความในจดหมายเหตุต่างประเทศแห่งหนึ่งว่า ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช แห่งกรุงศรีอยุธยา (พ.ศ. 2199 - พ.ศ. 2231) เรือค้าขายของฝรั่งเศสลำหนึ่งได้เดินทางมากรุงศรีอยุธยา เมื่อมาถึงที่ป้อมวิชัยประสิทธิ์ของไทยไว้ว่า

ปกติคนต่างชาติที่ล่องมาทางเรือจะไปอยุธยา ต้องผ่านเจ้าพระยา ซึ่งเรื่องที่เกิดขึ้นนั้นเกิดที่ป้อมวิไชยเยนทร์ หรือป้อมฝรั่ง เพราะพระยาวิชเยนทร์ เกณฑ์แรงงานฝรั่งมาสร้างไว้ ปัจจุบันคือ ป้อมวิไชยประสิทธิ์ ตั้งอยู่ปากคลองบางกอกใหญ่ ปกติเรือสินค้าสำคัญ เรือที่มากับราชทูตที่จะผ่านต้องมีธรรมเนียมประเพณีคือ ชักธงประเทศของเขาบนเรือ เพื่อแสดงสัญลักษณ์ว่า มาถึงแล้ว เมื่อเรือฝรั่งเศสชักธงชาติของตัวเองขึ้น ฝ่ายสยามยิงสลุตคำนับตามธรรมเนียม ซึ่งขณะเดียวกันสยามเองต้องชักธงขึ้นด้วย เพื่อตอบกลับว่า ยินดีต้อนรับ แต่ตอนนั้นทหารประจำป้อมวิไชยเยนทร์ไม่เคยพบประเพณีแบบนี้ และสยามไม่มีธงสัญลักษณ์ที่ใช้เป็นธงชาติมาก่อน จึงคว้าผ้าที่วางอยู่แถวนั้น ซึ่งดันหยิบธงชาติฮอลันดาชักขึ้นเสาแบบส่งเดช เมื่อทหารฝรั่งเศสเห็นก็ตกใจไม่ยอมชักธงและไม่ยอมยิงสลุต จนกว่าจะเปลี่ยน เพราะการที่ได้ชักเอาธงชาติฮอลันดา (ปัจจุบันคือประเทศเนเธอร์แลนด์) ซึ่งในขณะนั้นฝรั่งเศสกับฮอลันดาเป็นศัตรูกัน) ฝ่ายไทยได้แก้ปัญหาโดยชักผ้าสีแดงขึ้นแทนธงชาติฮอลันดา ฝรั่งเศสจึงยอมยิงสลุตคำนับตอบ เหตุการณ์ดังกล่าวจึงถือกันว่าเป็นจุดเริ่มต้นของประวัติศาสตร์ธงชาติไทย[4] โดยทหารสยามประจำป้อมก็เปลี่ยนเป็นผ้าสีแดงที่หาได้ในตอนนั้น และต้นกำเนิดธงก็เริ่มขึ้น นับจากนั้น ธงที่ใช้ไม่ว่าจะใช้บนเรือหลวง เรือราษฎร ใช้บนป้อมประจำการก็ล้วนเป็นสีแดง

จึงสรุปได้ว่าธงชาติสยามในยุคกรุงศรีอยุธยาใชสำหรับ ธงค้าขายเท่านั้น


รัชกาลที่ 1 - พ.ศ. 2386

ในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ทั้งเรือหลวงและเรือค้าขายของเอกชนยังคงใช้ธงสีแดงล้วนเป็นเครื่องหมายเรือสยาม จึงได้มีการนำสัญลักษณ์ต่าง ๆ มาประดับบนธงพื้นสีแดงเพิ่มเติมเพื่อใช้เป็นธงสำหรับเรือหลวง ในกฎหมายธงสมัยรัชกาลที่ 5 ได้กล่าวว่า "พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เพิ่มรูปจักรสีขาวลงในธงแดง สำหรับใช้เป็นธงของเรือหลวง" สาเหตุที่พระองค์กำหนดให้ใช้ "จักร" ลงไว้กลางธงผ้าพื้นแดงสำหรับชักในเรือกำปั่นหลวง เพื่อแสดงความแตกต่างระหว่างเรือของพระมหากษัตริย์ กับเรือของราษฎรสยาม ที่ใช้ธงผ้าพื้นแดงเกลี้ยง

ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระองค์ทรงได้ช้างเผือกเอก 3 ช้าง คือพระยาเศวตกุญชร พระยาเศวตไอยรา และพระยาเศวตคชลักษณ์ นับเป็นเกียรติยศยิ่งต่อแผ่นดิน จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เพิ่มรูปช้างเข้าภายในวงจักรของเรือหลวงไว้ด้วย อันมีความหมายว่า พระเจ้าแผ่นดินอันมีช้างเผือก แต่ธงช้างอยู่ในวงจักรใช้แต่เรือหลวงเท่านั้น เรือพ่อค้ายังคงใช้ธงแดงตามเดิม

ธงที่ใช้ในสมัยกรุงศรีอยุธยา
ธงที่ใช้ในสมัยรัชกาลที่1
ธงที่ใช้ในสมัยรัชกาลที่2

พ.ศ. 2386 - พ.ศ. 2459

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ประเทศไทยมีการทำสนธิสัญญากับชาติตะวันตกมากขึ้น อันเป็นผลต่อเนื่องจากการทำสนธิสัญญาเบาริ่งกับสหราชอาณาจักรใน พ.ศ. 2398 พระองค์จึงมีพระราชดำริว่า สยามจำเป็นต้องมีธงชาติใช้ตามธรรมเนียมชาติตะวันตก จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ใช้ธงพื้นสีแดงมีรูปช้างเผือกเปล่าอยู่ตรงกลางเป็นธงชาติสยามแต่เอารูปจักรออก เนื่องจากมีเหตุผลว่า จักรเป็นเครื่องหมายเฉพาะพระองค์พระมหากษัตริย์และธงพื้นสีแดงที่เอกชนสยามใช้ทั่วไปซ้ำกับประเทศอื่นในการติดต่อระหว่างประเทศ ธงนี้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ใช้ได้ทั่วไปทั้งเรือหลวงและเรือเอกชน แต่เรือหลวงนั้นทรงกำหนดให้ใช้พื้นเป็นสีน้ำเงินขาบชักขึ้นที่หัวเรือ เพื่อเป็นเครื่องหมายสำหรับแยกแยะว่าเป็นเรือหลวงด้วย ธงนี้มีชื่อว่า ธงเกตุ (ต่อมาได้วิวัฒนาการมาเป็นธงฉานของกองทัพเรือไทยในปัจจุบัน)

แต่ต่อมามีการค้นพบหลักฐานใหม่เป็นหนังสือพิมพ์ Supplement of The Singapore Free Press ฉบับวันที่ 26 ตุลาคม 2386 โดยได้อ้างอิงจากหนังสือพิมพ์ The Canton Press ฉบับวันที่ 12 สิงหาคม 2386 ระบุว่า มีกองเรือของพระมหากษัตริย์แห่งกรุงสยาม ได้นำเครื่องราชบรรณาการมาแวะที่ท่าเรือสิงคโปร์เพื่อที่จะเดินทางไปยังประเทศจีน เพื่อถวายเครื่องราชบรรณาการแด่องค์จักรพรรดิจีน โดยยังได้ระบุอีกว่ามีกองเรือของพระมหากษัตริย์แห่งกรุงสยามจำนวน 3 ลำ ซึ่งท้ายเรือมีการประดับธงช้างเผือกแบบไม่มีจักร ซึ่งเป็นหลักฐานที่ยืนยันได้ว่าได้เริ่มที่การใช้ธงช้างเผือกเป็นครั้งแรกในช่วงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 แห่งราชวงศ์จักรี

ธงที่ใช้ในรัชสมัยรัชกาลที่3
ธงในรัชกาลที่4 สำหรับเรือหลวง
ธงเกตุซึ่งพัฒนาต่อมาเป็นธงราชนาวีสยาม
ธงชาติสยามที่ออแตลเดแซ็งวาลีด กรุงปารีส

ธงแดงขาว 5 ริ้ว (พ.ศ. 2459)

ธงช้างเผือกเปล่าได้ใช้เป็นธงชาติสยามสืบมาจนกระทั่งในปี พ.ศ. 2459 เมื่อพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ได้เสด็จพระราชดำเนินไปยังเมืองอุทัยธานี ซึ่งขณะนั้นประสบเหตุอุทกภัยและทอดพระเนตรเห็นธงช้างของราษฎรซึ่งตั้งใจรอรับเสด็จไว้ถูกติดกลับหัว เนื่องจากในยุคนั้นธงช้างถือว่าเป็นของหายาก มีราคาแพง เพราะต้องสั่งทำจากต่างประเทศ อีกทั้งธงช้างที่มีขายบางแบบนั้นผลิตมาจากประเทศที่ไม่รู้จักช้าง รูปร่างของช้างที่ปรากฏจึงไม่น่าดู และหากผู้ใช้ประมาทชักธงช้างกลับด้าน ก็จะกลายเป็นที่เสื่อมเสียแก่พระเกียรติยศ พระองค์ทรงมีพระราชดำริว่า ธงชาติต้องมีรูปแบบที่สมมาตร และราษฎรสามารถทำใช้เองได้จากวัสดุภายในประเทศ เพื่อมิให้เกิดปัญหาดังกล่าวขึ้นอีกต่อไป จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนรูปแบบธงชาติ เป็นธงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีแถบยาวสีแดง 3 แถบ สลับกับแถบสีขาว 2 แถบ ซึ่งเหมือนกับธงชาติไทยในปัจจุบัน แต่มีเพียงสีแดงสีเดียว ซึ่งธงนี้เรียกว่า ธงแดงขาว 5 ริ้ว (ชื่อในเอกสารราชการเรียกว่า ธงค้าขาย) ทั้งนี้ สำหรับหน่วยงานราชการของรัฐบาลสยามยังคงใช้ธงช้างเผือกเป็นสัญลักษณ์ แต่ใช้รูปช้างเผือกแบบทรงเครื่องยืนแท่น ซึ่งแต่เดิมธงนี้เป็นธงสำหรับเรือหลวงมาตั้งแต่ พ.ศ. 2440 และมีฐานะเป็นธงราชการอยู่ก่อนแล้วตั้งแต่ พ.ศ. 2453

แต่ต่อมามีการค้นพบหลักฐานใหม่ซึ่งพบว่า พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 แห่งราชวงศ์จักรีได้มีพระราชประสงค์ในการเปลี่ยน เพิ่มแบบธงสำหรับธงสำหรับชาติสยามใหม่ สำหรับประชาชนเพื่อใช้ในการค้าขาย ล่องเรือระหว่างประเทศและใช้ประดับบนบกซึ่งมีบันทึกอยู่ใน เรื่องเปลี่ยนธงสำหรับชาติสยาม (๘ พ.ค. - ๖ มิ.ย. ๒๔๕๙) โดยมีการบันทึกว่า "เพราะ การค้าขายของเรานั้นเห็นว่าจะเจริญแล้ว จึงได้ใช้ธงชนิดนี้ขึ้นใหม่สำหรับการค้าขาย และเป็นธงทั่วไปด้วย นอกจากธงราชการ" แต่เรากลับยึดเอาหลักฐานจากวชิราวุธานุสรณ์ ๒๔๙๖ซึ่งเป็นบันทึกของจมื่นอมรดรุณารักษ์ โดยได้บันทึกว่าในวันที่ 13 กันยายน พ.ศ. 2459 ได้มีการประดับธงช้างเผือกกลับหัวรับเสด็จ อันเป็นเหตุยุติการใช้ธงช้างเผือก แต่ในจดหมายเหตุรายวัน เล่ม ๒ พระพุทธศักราช ๒๔๕๙ วันที่ ๑๔ กันยายน ถึง วันที่ ๑๐ มีนาคม ซึ่งเป็นลายพระหัตถ์ของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ระบุว่า "วันพฤหัสบดีที่ ๑๔ (กันยายน 2459) เวลาเข้า ๔ โมงเศษ ไปลงเรือเก้ากิ่งยามที่ท่าวาสุกรี เรือกลไฟจึงขึ้นมาตามลำน้ำ แวะกินกลางวันที่วัดไก่เตี้ย แขวงเมืองประทุมธานี, และเดินเรือต่อมาจนค่ำถึงบางปะอิน; พักแรม ๑ คืน" ซึ่งไม่ได้เป็นไปตามที่จมื่นอมรดรุณารักษ์ได้บันทึกไว้ ทำให้เราเข้าใจผิดกันมาโดยตลอด


ธงค้าขายสยาม (2459-2460)

ธงราชการ พ.ศ. 2459

ธงไตรรงค์ (พ.ศ. 2460 - ปัจจุบัน)

ในปี พ.ศ. 2460 แถบสีแดงที่ตรงกลางธงค้าขายได้เปลี่ยนเป็น สีขาบ (เป็นชื่อสีโบราณอย่างหนึ่งของไทย คือสีน้ำเงินเข้มเจือม่วง) ดังปรากฏอยู่ในปัจจุบัน เหตุผลที่ทรงเพิ่มสีขาบลงในธงชาติสยามนั้น มาจากการได้ทอดพระเนตรบทความแสดงความคิดเห็นของผู้ใช้นามแฝงว่า “อแคว์ริส” ในหนังสือพิมพ์กรุงเทพฯ เดลิเมล์ ภาษาอังกฤษ ฉบับวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2460 ซึ่งระบุว่า ธงชาติสยามแบบใหม่ที่ทดลองใช้อยู่ในเวลานั้น (ธงแดงขาว 5 ริ้ว ซึ่งกำหนดให้ใช้เป็นธงค้าขาย) ยังมีลักษณะที่ไม่สง่างามเพียงพอ และได้เสนอแนะว่าริ้วกลางของธงควรเพิ่มสีน้ำเงินขาบลงไปอีกสีหนึ่ง ด้วยเหตุที่ว่า

สีน้ำเงินขาบเป็นสีส่วนพระองค์ของพระมหากษัตริย์ (สีประจำวันพระราชสมภพของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว คือ วันเสาร์)
เมื่อเปลี่ยนแปลงเช่นนี้แล้วธงชาติสยามก็จะเป็นธงสามสีในทำนองเดียวกันกับธงชาติของประเทศฝรั่งเศส สหราชอาณาจักร และสหรัฐอเมริกา ซึ่งเป็นประเทศฝ่ายสัมพันธมิตรในสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ซึ่งน่าจะทำให้ทั้งสามประเทศพอใจประเทศสยามยิ่งขึ้นเพราะเสมือนว่าได้ยกย่องชาติเหล่านั้น
การมีสีของสถาบันพระมหากษัตริย์ในธงชาติ จะเป็นเครื่องเตือนใจให้ระลึกถึงพระองค์ในวาระที่ชาติสยามเข้าสู่เหตุการณ์สำคัญต่างๆ
พระองค์ได้ทรงทดลองเขียนแบบธงตามบทความดังกล่าวแล้วทรงเห็นว่างดงามดีและเห็นด้วยกับบทความดังกล่าว โดยเฉพาะอย่างยิ่งสีน้ำเงินนั้นนอกจากจะเป็นสีแห่งสถาบันพระมหากษัตริย์แล้วยังเป็นสีทรงโปรดเพราะเป็นสิริแก่พระชนมวารตามคติโหราศาสตร์ไทยอีกด้วย[6] ต่อมาทรงมอบหมายให้เจ้าพระยารามราฆพ (หม่อมหลวงเฟื้อ พึ่งบุญ ขณะนั้นมีบรรดาศักดิ์เป็นพระยาประสิทธิศุภการ) เข้าเฝ้าสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าจักรพงษ์ภูวนาถ กรมหลวงพิษณุโลกประชานาถ เสนาธิการทหารบกในเวลานั้น เพื่อนำแบบธงไปถวายเพื่อทูลขอความเห็น สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์นั้นทรงเห็นชอบเช่นกัน และมีรับสั่งว่าถ้าเปลี่ยนในขณะนั้นจะได้เป็นอนุสรณ์ในการเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่ 1 ด้วย พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระยาศรีภูริปรีชา เจ้ากรมพระอาลักษณ์ ร่างประกาศแก้แบบธงชาติ และได้ทรงนำเรื่องเข้าที่ประชุมคณะเสนาบดีเพื่อฟังความเห็น ที่ประชุมลงมติเห็นชอบแบบธงชาติสยามที่คิดขึ้นใหม่ และประกาศใช้ตามความในธงพระราชบัญญัติแก้ไขพระราชบัญญัติธง พระพุทธศักราช 2460 เมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2460

ธงชาติแบบใหม่นี้ได้อวดโฉมต่อสายตาชาวโลกครั้งแรกในสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ซึ่งกองทหารอาสาของไทยได้ใช้เชิญไปเป็นธงไชยเฉลิมพลประจำหน่วย อย่างไรก็ตาม ธงไตรรงค์ที่สร้างขึ้นสำหรับกองทหารอาสาในสงครามโลกครั้งที่หนึ่งนั้นไม่ใช่ลักษณะอย่างธงไตรรงค์ตามที่กำหนดให้ใช้ในปัจจุบันและโดยทั่วไป แต่มีการเพิ่มรูปสัญลักษณ์พิเศษลงในธงด้วย โดยด้านหน้าธงนั้นเป็นรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นในวงกลมพื้นสีแดง ลักษณะอย่างเดียวกับธงราชนาวีไทย (ทั้งนี้กำหนดแบบใหม่ให้ใช้พร้อมกันในคราวประกาศเปลี่ยนธงชาติด้วย) ด้านหลังเป็นตราพระปรมาภิไธยย่อ ร.ร. ๖ สีขาบ ภายใต้พระมหามงกุฎเปล่งรัศมีสีเหลืองในวงกลมพื้นสีแดง ที่แถบสีแดงทั้งแถบบนแถบล่างทั้งสองด้านจารึกพุทธชัยมงคลคาถาบทแรก (ภาษาบาลี)