ย้อนกลับไปก่อนเหตุการณ์ต่าง ๆ ในเกมสองภาคแรก Drakengard 3 จะกล่าวถึงเรื่องราวของโลกที่ตกอยู่ท่ามกลางความขัดแย้งของบรรดาจักรพรรดิแห่งดินแดนต่าง ๆ จนเมื่อถึงที่สุดแล้ว ห้าธิดาจากสวรรค์ (Five, Four, Three, Two, และ One) ก็ปรากฏตัวมายังโลกมนุษย์ และยุติความขัดแย้งโดยการกำราบเหล่าจักรพรรดิต่าง ๆ จนหมดสิ้น ก่อนจะได้รับการยอมรับและนับถือบูชาจากผู้คนให้ปกครองดินแดนต่าง ๆ บนโลก แต่แล้ววันหนึ่ง ธิดาจากสวรรค์คนที่หก (Zero) พี่ใหญ่ที่ทรงพลังที่สุดก็ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับจุดมุ่งหมายในการกำจัดธิดาจากสวรรค์ทั้งห้า ซึ่งว่ากันว่ามันคือหนทางที่จะทำให้ความสงบสุขที่แท้จริงกลับคืนมาสู่โลกนี้อีกครั้ง