วัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษก เป็นวัดที่สร้างขึ้นตามแนวพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร รัชกาลที่ ๙ ตามโครงการการพัฒนาพื้นที่บึงพระราม ๙ ที่เป็นการบำบัดน้ำเน่าเสีย จนกระทั่งมีการดำเนินโครงการไปได้ระยะหนึ่ง ในหลวงรัชกาลที่ ๙ ก็มีพระราชดำริให้มีการจัดตั้งวัดในบริเวณนั้น เพื่อเป็นการปรับปรุงและพัฒนาพื้นที่รอบชุมชนบริเวณบึงพระราม ๙ และเป็นศูนย๋รวมจิตใจของผู้คนในบริเวณนั้นด้วย นางจวงจันทร์ สิงหเสนีจึงได้น้อมเกล้าฯ ถวายที่ดินให้สร้างเป็นวัดในปี พ.ศ.๒๕๓๔



พระอุโบสถออกแบบโดยพลอากาศตรีอาวุธ เงินชูกลิ่น ศิลปินแห่งชาติ โดยนำเอาลักษณะทางศิลปกรรมจากพระอุโบสถของวัด ๓ แห่งมารวมกัน คือ วัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหาร จ.นนทบุรี,วัดพระปฐมเจดีย์ราชวรมหาวิหาร จ.นครปฐม และวัดราชาธิวาสราชวรวิหาร กรุงเทพมหานคร




ในตอนแรกมีการออกแบบพระอุโบสถให้มีขนาดใหญ่โตสมพระเกียรติ แต่ในหลวงรัชกาลที่ ๙ มีพระราชกระแสให้ลดขนาดลงให้กะทัดรัด และเพื่อประหยัดงบประมาณในการก่อสร้างด้วย เป็นการแสดงออกถึงความพอเพียงของพระองค์ท่าน