อิสลามในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ส่วนใหญ่ โดยเฉพาะในโลกมลายูนั้น ในอดีตจะยึดถือกับศาสนาอิสลามในรูปแบบพื้นบ้านหรือรูปแบบดั้งเดิมเฉพาะถิ่น
ชาวมลายู จะรับศาสนาอิสลามแบบแท้ประมาณ 60% ส่วนอีก 40% คือวัฒนธรรมดั้งเดิมหรือประเพณีดั้งเดิม รวมถึงวัฒนธรรมเฉพาะที่คิดขึ้นมาใหม่เอง
ส่วนชาวชวา จะรับศาสนาอิสลามประมาณ 30% อีก 70% ยังยึดอยู่กับวัฒนธรรมดั้งเดิม ประเพณีดั้งเดิม ที่ไม่ขัดกับหลักศาสนามากเกินไปเพียงเท่านั้น
อย่างไรก็ตาม ในช่วงยุคอาณานิคมเป็นต้นมา ศาสนาอิสลามทั่วโลก ต่างถูกปรับเปลี่ยนให้เป็นสากลมากขึ้น วัฒนธรรมดั้งเดิมก็ค่อยๆ ถูกปรับเปลี่ยนไป
ในยุคที่ดัตช์ครองหมู่เกาะอยู่นั้น ชาวอินโดนีเซียต่างนับถือภูตผีทั้งยังถูกชักจูงเข้ารีตเป็นคริสต์ไปด้วย ทำให้เกิดการก่อตั้งกลุ่มทางศาสนาขึ้นมาจากนั้น

กิไย อาหมัด ดะห์ลัน คือชื่อของชายผู้ที่สถาปนากลุ่ม มุฮัมหมัดดิยะห์ ขึ้น เพื่อพยายามฟื้นฟูและปกป้องศาสนาอิสลามในอินโดนีเซียให้พ้นจากมือดัตช์
หลายๆ คน โดยเฉพาะมุสลิมไทย อาจจะคุ้นๆ ชื่อ อาหมัด ดะห์ลัน เพราะเขาคือคุณปู่ของ ดร.วินัย ดะห์ลัน ผู้ก่อตั้งสถาบันฮาลาลของจุฬาฯ นั้นเองครับ
อาหมัด ดะห์ลัน มองเห็นว่าการนับถือผีของชาวชวานั้น ดูขัดแย้งกับความเชื่อของศาสนา ทั้งยังเห็นว่าดัตช์ใช้จุดอ่อนนี้ โน้มน้าวให้มาเข้ารีตคริสต์อีก
เขาจึงสถาปนากลุ่มมุฮัมหมัดดิยะห์ ซึ่งเป็นกลุ่มที่ค่อนข้างไปทางอิสลามสายสากล (Modernist) เพื่อสอนศาสนาอิสลามที่ถูกต้องตามคัมภีร์อัลกุรอาน
ทว่า หลังจากที่ก่อตั้งมาได้เพียงแค่ 11 ปี กิไย อาหมัด ดะห์ลัน ก็ได้ถึงแก่กรรม กลับไปอยู่ในความเมตตาของอัลลอฮ์ ด้วยอายุเพียงแค่ 54 ปี เท่านั้น

3 ปีต่อมา หลังการถึงแก่กรรมของกิไย อาหมัด ดะห์ลัน ก็มีกิไยอีกคนออกมาก่อตั้งกลุ่มศาสนาอีก เขามีชื่อว่า ฮาชิม อัชอะรี อุลามะห์แห่งเมืองโจมบัง
กิไย ฮาชิม อัชอะรี มีแนวคิดที่แตกต่างกับกิไย อาหมัด ดะห์ลัน เพราะเขาสนับสนุนแนวคิดอิสลามพื้นเมืองดั้งเดิมของอินโดนีเซีย หรือแบบชวาดั้งเดิม
กิไย ฮาชิม ก่อตั้งกลุ่มนะห์ดลาตุล อุลามะ  หรือกลุ่มฟื้นฟูแนวคิดอุลามะ ขึ้นในปี 1926 หลังจากที่อุลามะหลายคนถูกซาอุดีอาระเบียสั่งห้ามเข้าประเทศ
ในขณะที่มุฮัมหมัดดิยะห์ สอนไปในแนวทางในรูปแบบของอิสลามสายสากล แต่ NU จะยังสอนและเน้นวิถีอิสลามแบบดั้งเดิมของชาวอินโดนีเซียกันอยู่
อย่างไรก็ตาม กิไย ฮาชิม เป็นเพียงแค่ผู้นำทางจิตวิญญาณของกลุ่ม ส่วนผู้ที่ดำเนินการกิจการภายใน-นอกกลุ่มก็คือ อับดุล วาฮิด ฮาชิม ลูกชายของเขา

บทบาทของทั้ง 2 กลุ่ม ตั้งแต่ช่วงยุคอาณานิคม ยุคเอกราชเริ่ม ยุคแบบแผนใหม่ จนถึงยุคปัจจุบัน เต็มไปด้วยการแย่งกันเป็นกระบอกเสียงต่อมุสลิม
อย่างไรก็ตาม ด้วยอุดมการณ์ที่แตกต่างออกไป ทำให้ทั้ง 2 กลุ่ม มีวิถีทางแตกต่างกันโดยสิ้นเชิงในการดำเนินกิจกรรมและกิจการทั้งหลายของ 2 กลุ่ม
เช่น กลุ่ม NU เคยเลือกเข้าข้างฝ่ายคอมมิวนิสต์เพื่อหาผู้สนับสนุนในกลุ่มผู้ยากจน ก่อนที่ภายหลังจะปลีกตัวออกมาร่วมกับซูฮาร์โตเพื่อกวาดล้างทีหลัง
หรือกลุ่มมุฮัมหมัดดิยะห์ ที่ตัดสินใจเข้าร่วมกวาดล้างกลุ่มคอมมิวนิสต์ไปด้วยเช่นกัน ทั้ง 2 กลุ่มกลายเป็นหัวเลี้ยวหัวแรงหลักในการต่อต้านคอมมิวนิสต์
ทว่า หลังจากที่ได้เป็นประธานาธิบดี ซูฮาร์โต ตัดสินใจใช้แบบแผนใหม่ เพื่อไม่ให้เกิดความสุดโต่งของอุดมการณ์ใดๆ ทั้งสังคมนิยมและแนวคิดศาสนา

หลังจากที่ซูการ์โนลงจากตำแหน่ง อับดุรระห์มัน วาฮิต บุตรชายของอับดุล วาฮิด ฮาชิม ก็ได้ออกมาก่อตั้งพรรคตื่นตัวแห่งชาติ เพื่อเข้าร่วมเลือกตั้งด้วย
อับดุรระห์มัน กับ อะมียัน รายิส จับมือพร้อมกับผู้นำอีก 2 คน คือ เมกาวตี ซูการ์โนปุตรี และสุลต่าน HB ร่วมกันทำการต่อต้านรัฐบาลทายาทของซูฮาร์โต
หลังจากนั้น อับดุลระห์มัน ได้รับเลือกตั้งให้เป็นประธานาธิบดีคนแรกก่อนที่จะถูกถอดถอนภายหลัง และทั้ง 2 กลุ่ม ก็ไม่ได้มีบทบาททางการเมืองอีกเลย
อย่างไรก็ตาม ปัจจุบัน NU มีสมาชิกมากที่สุดในอินโดนีเซีย ทั้งยังเป็นกลุ่มมุสลิมที่มีสมาชิกมากที่สุดในโลกอีกด้วย ส่วนมุฮัมหมัดดิยะห์ อันดับสอง
ทั้ง 2 กลุ่ม ยังดำเนินการแข่งขันกันทางศาสนา เพื่อขับเคี่ยวความคิดทางศาสนาว่าแบบดั้งเดิมหรือแบบสากล อย่างไรที่ส่งผลต่ออินโดนีเซียในปัจจุบัน