มีหลายปัจจัยครับ เช่น

1. การหยิบยืมคำจากภาษาอื่น

(ระบบ)เสียงในแต่ละภาษามีมานานตั้งแต่ก่อนที่จะมีการประดิษฐ์ตัวอักษรขึ้นใช้ครับ ภาษาแต่ละตระกูลก็มีจำนวนเสียงมากน้อยไม่เท่ากัน บางเสียงก็มีซ้ำๆ กันในหลายภาษา บางเสียงก็มีแค่บางภาษา

ไม่มีภาษาไหนที่อยู่โดดเดี่ยว ทุกภาษาจะมีการหยิบยื่นคำศัพท์หรืออะไรต่างๆ ของภาษาใกล้เคียงมาใช้ (หรือภาษาที่สำคัญและมีอิทธิพลในขณะนั้น) แต่เมื่อยืมคำมาใช้ เสียงบางเสียงในภาษาเดิมที่ไม่สะดวกลิ้นก็จะถูกดัดแปลงเป็นเสียงในภาษาของเราให้ออกเสียงง่ายๆ กลมกลืนกับคำอื่นในประโยค

ยกตัวอย่างเช่น คุณมีคอมพิวเตอร์หรือเปล่า เวลาเราออกเสียงในภาษาไทยเราจะพูดว่า คอม-พิ้ว-เต้อ เพราะมันกลมกลืนกับคำอื่นในประโยคและสำเนียงภาษาไทยของเราที่มีวรรณยุกต์และออกเสียงทุกพยางค์ค่อนข้างชัด เราจะไม่ออกเสียงว่า คุณมี-คอม-พยู่-เถอะ-หรือเปล่า เพราะมันไม่กลมกลืนกัน

ทีนี้บางเสียงที่ภาษาเจ้าของคำเดิมเขามีแต่ภาษาเราไม่มี เราก็จะแทนด้วยเสียงที่หูเราฟังแล้วใกล้เคียงครับ เช่น van เสียง v ในภาษาอังกฤษนั้นเราไม่มี เราฟังแล้วนึกถึงเสียง ว.แหวน เราก็เลยออกเสียงเป็น แวน

ในสมัยโบราณเราได้รับวัฒนธรรมหลายอย่างจากทางอินเดีย ทั้งผ่านพุทธศาสนาและพราหมณ์ สองศาสนานี้ใช้ภาษาบาลีและสันสกฤตเป็นสื่อกลาง ซึ่งระบบเสียงคล้ายกันมาก พอเข้ามาถึงประเทศไทย ปรากฏว่าเสียงเยอะแยะเลยในภาษาบาลีสันสกฤตเราไม่มี เราก็เลยต้องแทนด้วยเสียงของเราแบบอุตลุดครับ

แต่เพื่อเป็นการรักษารูปศัพท์เดิมไว้ให้รู้ว่าคำไหนมาจากต้นตอไหน เราจึงยังสะกดแบบที่คำต้นตอเขาเขียนในภาษาบาลีสันสกฤตอยู่ แทนที่จะสะกดตามเสียงอ่านแบบไทย ตัวอักษรของบาลีสันสกฤตที่แทนเสียงต่างๆ กันเราก็เก็บไว้เกือบทุกตัวครับ เพียงแต่พอมาออกเสียงในภาษาไทยมันก็กลายเป็นเสียงเดียวกันหมด แถมเป็นคนละเสียงกับภาษาเดิมเขาอีกต่างหาก

ถ้าจะนำเสนอให้ชัด ก็ใช้พยัญชนะวรรคเข้าช่วยครับ เพราะพยัญชนะวรรคนั้นจัดตามระบบเสียงของบาลีสันสกฤตเป๊ะเลย

ตัวอย่างวรรคที่ชัดที่สุดคือ

          ฏ     ฐ     ฑ     ฒ     ณ
          ต     ถ     ท      ธ      น

สองวรรคนี้ ตัวบนกับตัวล่างในภาษาเดิมเขาออกเสียงต่างกันทุกคู่ครับ แต่ในภาษาไทยเราออกเสียงเหมือนกันทั้งบนและล่าง เช่น

          ฏ กับ ต ในบาลี/สันสกฤตออกไม่เหมือนกัน ของเรามีเสียงเดียวก็เลยเหมาทั้งสองตัว

          ฐ/ฑ/ฒ/ถ/ท/ธ ในบาลีสันสกฤตออกเสียงหกแบบ ไม่เหมือนกันเลย ของเราออกเสียง ท เหมือนกันหมด

ที่แปลกอีกอย่างคือ ตัว ท ในภาษาบาลี/สันสกฤตจริงๆ เขาออกเสียงเหมือน ด.เด็ก เรา แต่ทีนี้ภาษาไทยเรามีเสียง ด.เด็ก อยู่ก่อนแล้ว แทนที่เราจะออกเสียง ท เป็น ด.เด็ก เรากลับไปออกเสียงเดียวกับ ฐ/ฒ/ถ/ธ แทน

ในขณะที่ส่วนตัว ฑ เกิดอาการ "อยากเก็บเธอไว้ทั้งสองคน" คือบางคำก็ออกเสียง ด (มณฑป) บางคำก็ออกเสียง ท (มณฑล)

หรืออย่างสระ ฤ ฤๅ ฦ ฦๅ ในภาษาบาลีสันสกฤตเป็นเสียงสระรัวลิ้น (แบบแขก) ที่เราไม่มีในภาษาไทยครับ พอเราออกเสียงไม่ได้ เราก็เลยออกเสียง ฤ เป็น ริ/รึ/เรอะ แทน กะว่านี่ใกล้เคียงเสียงเดิมแล้วสำหรับหูเรา

---

2. เสียงเดิมในภาษาเรามันหายไป

ในภาษาตระกูลไท-ไต-ไทยของเรา เมื่อก่อนนี้มีเสียงอื่นที่ตอนนี้เราไม่ได้ใช้แล้ว ออกเสียงกันไม่เป็นแล้วครับ เช่น

ฃ/ฅ เมื่อก่อนออกเสียงในลำคอ (คงจะคล้ายๆ กับเสียง ch ของสก๊อตหรือเยอรมันมั้งครับ) ตอนนี้ออกเหมือน ข/ค

ญ เมื่อก่อนออกเสียงขึ้นจมูก ตอนนี้ออกเสียงเหมือน ย (ในภาษาถิ่นหลายถิ่นยังออกขึ้นจมูกอยู่ครับ เช่นภาษาอีสาน)

สระ ใอ เมื่อก่อนออกเสียง อะ+อึ ตอนนี้ออกเสียง อะ+อิ แบบเดียวกับสระไอ

---

3. รูปสระบางรูปเป็นรูปย่อหรือรูปซ้ำของเสียงอื่นครับ เช่น

สระอำ เป็นเสียง อะ+ม.สะกด ถ้าเขียนในรูปตัวสะกดจะเขียนได้ว่า อัม (ออกเสียงเหมือนกัน คือซ้ำกัน)

สระไอ เป็นเสียง อะ+อิ ถ้าเขียนในรูปตัวสะกดจะเขียนได้ว่า อัย

(นอกประเด็นหน่อย สระเอา เป็นเสียง อะ+อุ แต่เขียนในรูปตัวสะกดไม่ได้ เพราะ อัว เราอ่านเป็นเสียง อุ+อะ ไปแล้ว เลยไม่ซ้ำกับใคร)

---

ตอนนี้นึกออกแค่นี้ครับ