รัฐบาลนายชวน หลีกภัยในสมัยที่ 1 และในสมัยที่ 2 เป็นรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้ง แต่ก็ได้รับเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่าคุกคามสิทธิเสรีภาพของประชาชนในระดับล่าง (แม้ว่ารัฐบาลจะมีบทบาทในการผลักดันให้เกิดการปฏิรูปทางการเมืองก็ตาม) โดยรัฐบาลมักใช้วิธีการปราบปรามประชาชนผู้มาชุมนุมประท้วงในเรื่องความเดือดร้อนต่าง ๆ ซึ่งได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ว่า เป็นรัฐบาลที่ไม่ให้ความสำคัญกับภาคประชาชนโดยเฉพาะประชาชนระดับล่าง ซึ่งถูกโจมตีว่าเป็นรัฐบาล “วัวลืมตืน”                          จากการปฏิบัติต่อชาวนา และถูกโจมตีว่าเป็นรัฐบาล “อุ้มคนรวยไม่ช่วยคนจน” เพราะจับกุมและฟ้องร้องผู้นำภาคประชาชน และการใช้นโยบายที่แล้งน้ำใจต่อคนจน แต่ในขณะเดียวกันกลับทุ่มเงินค้ำจุนกองทุนฟื้นฟูสถาบันการเงิน ตัวอย่างการคุกคามสิทธิและเสรีภาพของประชาชนในสมัยรัฐบาลชวน 1 เช่น เหตุการณ์ในพ.ศ.2536 เกิดปัญหาราคาข้าวตกต่ำ ชาวนาได้รับความเดือดร้อนอย่างมาก จึงเกิดการประท้วงของชาวนาภาคกลางในหลายจังหวัด รัฐบาลได้สั่งปราบปรามชาวนาที่กำแพงเพชรเพราะชาวนามาล้อมศาลากลางและปิดถนน รัฐบาลส่งกำลังตำรวจเข้าสลายจนชาวนาเสียชีวิต 1 คน และการคุกคามสิทธิและเสรีภาพของประชาชนในสมัยรัฐบาลชวน 2 เช่น เหตุการณ์ในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ.2541 ภายหลังจากได้รับการแต่งตั้งให้เป็นรัฐบาลเพียง 2 เดือน ก็เกิดเหตุการณ์ที่รัฐบาลส่งตำรวจเข้าปราบปรามและทุบตีคนงานของโรงงานไทยซัมมิทออโตพาทที่ถนนบางนา-ตราด ในข้ออ้างที่ว่าคนงานประท้วงปิดถนนขวางเส้นทางการจราจร
                        ส่วนการปราบปรามผู้ประท้วงของรัฐบาลที่ได้รับการกล่าวถึงอย่างมากคือ เหตุการณ์ในวันที่ 27 ตุลาคม พ.ศ.2542 ฝ่ายรัฐบาลปล่อยให้ตำรวจปล่อยสุนัขมากัดชาวไร่มันสำปะหลังจากจังหวัดนครราชสีมาที่มาประท้วงอยู่หน้าทำเนียบ ทำให้ชาวบ้านได้รับบาดเจ็บหลายคน และกลายเป็นที่มาของกรณี “หมากัดม็อบ” นอกจากนี้รัฐบาลยังได้ใช้กำลังเข้าจัดการกับกลุ่มชาวบ้านที่ต่อต้านโครงการเขื่อนปากมูลซึ่งบุกปืนเข้ามาในทำเนียบในวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ.2543 โดยการกวาดต้อนกลุ่มผู้ชุมนุม รื้อเต้นท์ ทำลายเครื่องกระจายเสียง และจับกุมชาวบ้านปากมูลจำนวน 202 คน ในวันอาสาฬบูชา จนหนังสือพิมพ์ข่าวสดพาดหัวข่าวว่า “ชวนทมิฬปราบคนจนวันพระ”

.......................
วันนั้น ผมนั่งดู โทรทัศ เห้นท่านชวน  ออกทีวี ยิ้มกริ่ม (จำได้แม่น)  ท่านว่า   .........
...   (ยิ้มๆ)เอ่อออ   ก็คงต้องให้เจ้าหน้าที่เค้าไปสอบสวนหมา ว่าไปกัดชาวบ้านเค้าทำไมน๊ะครับ  (ยิ้มๆ) เอ่อ ผมก็ยังไม่ได้รับรายงานนะน๊ะครับ ก้คงต้องรอ ให้เจ้าหน้าที่เค้าสอบสวนหมาเสร็จก่อน (ยิ้มๆ)
.. นี่ก็ ! ผ่านมาหลายปีแร๊ะ    (((สอบสวนหมาเสร็จยังก๊าบบบ)))