(ค.ศ.1517-1559) แปลว่า (ยุคแห่ง) “การปฏิรูป” คำบัญญัตินี้ เป็นชื่อที่มุ่งเรียกเหตุการณ์ในศาสนาคริสต์โดยตรงแท้ๆ คือการปฏิรูปในคริสต์ศาสนา ซึ่งมาร์ติน ลูเธอร์ (Martin Luther) ได้เริ่มต้นขึ้น อันทำให้เกิดการปรับความเชื่อถือ ตีความคำสอน วางวิธีปฏิบัติใหม่ๆ ซึ่งเป็นการฝ่าฝืนคัดค้านไม่ยอมรับอำนาจสูงสุดขององค์สันตะปาปา (Pope)
ยุคนี้กำหนดด้วยการสิ้นสุดอำนาจครอบคลุมยุโรปขององค์สันตะปาปา และการเกิดขึ้นของศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์ ซึ่งพลอยมีผลพ่วงตามมาให้เกิดความเปลี่ยนแปลงครั้งยิ่งใหญ่ในวิถีชีวิตของผู้คนและสังคมของชาวตะวันตก
ยุคปฏิรูป หรือ Reformation นี้ ก็เป็นผลที่สืบเนื่องมาจากอิทธิพลของแนวคิดและการตื่นตัวในยุคคืนชีพนั่นเอง คือเป็นความขัดแย้งระหว่างกระแสความคิดความเชื่ออย่างเก่ากับอย่างใหม่ แต่ในเมื่อเป็นเรื่องที่เกี่ยวกับอำนาจทั้งทางการเมืองและความยึดมั่นทางศาสนาที่รุนแรง การโต้แย้งและการแข็งขืนจึงกลายเป็นการต่อสู้ด้วยกำลัง การห้ำหั่นบีฑา (persecution) และสงครามศาสนา (religious war)
แต่เปลี่ยนย้ายจากการกำจัดคนนอกรีตนอกศาสนา และสงครามกับคนต่างศาสนา มาเป็นการศึกสงครามกับชาวคริสต์ด้วยกันเอง ระหว่างผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิกเดิม กับผู้นับถือนิกายใหม่คือโปรเตสแตนต์ ซึ่งต่างก็ถือว่าอีกฝ่ายหนึ่งเป็นพวกนอกรีต
ศาสนจักรคาทอลิกที่มีอำนาจยิ่งใหญ่ จำต้องระดมทุนเพื่อเสริมรักษาความยิ่งใหญ่นั้น จึงได้ให้มีการขายใบไถ่บาป (indulgence) ซึ่งอ้างว่าโปรดประทานจากพระคลังบุญ (Treasury of Merits) ของพระเยซูและเหล่านักบุญ โดยมีตัวแทนจำหน่าย (agents) ในถิ่นต่างๆ
การขายบัตรไถ่บาปทำให้ได้เงินมหาศาล (รวมทั้งเงินที่เอามาสร้างมหาวิหาร Saint Peter's ที่กรุงโรม) บาทหลวงบางคนขายใบไถ่บาปนี้เอาเงินให้องค์สันตะปาปา เพื่อได้รับแต่งตั้งในสมณศักดิ์สูง การก่อสร้างและการสะสมร่ำรวยเงินทองได้อืดพองขึ้นในศาสนจักร
ณ วันที่ ๓๑ ต.ค. 1517/๒๐๖๐ บาทหลวงเยอรมันชื่อมาร์ติน ลูเธอร์ (Martin Luther) ได้ปิดประกาศคำประท้วงการขายใบไถ่บาป อันถือว่าเป็นจุดเริ่มแห่งการปฏิรูป ที่ให้ชาวคริสต์คืนกลับไปหาพระคัมภีร์ โดยปฏิเสธอำนาจขององค์สันตะปาปา หลังจากนั้นไม่นาน การกำจัดกวาดล้างรบราฆ่าฟันและสงครามก็ตามมา
มาร์ติน ลูเธอร์ ซึ่งเป็นเพียงเอกชนคนหนึ่ง แต่มีกำลังสนับสนุนมาคุ้มครองและสู้กับวาติกันได้ นอกจากเพราะมีผู้เชื่อตามคำสอนทางศาสนาที่เขาตีความใหม่กันมากแล้ว ก็เป็นเพราะเหตุผลทางการเมืองด้วย ดังที่ฝรั่งเขียนไว้ว่า
ทั่วยุโรปภาคเหนือ กษัตริย์และเจ้าผู้ครองดินแดนทั้งหลาย ซึ่งรู้ตระหนักว่าตนกำลังมีอำนาจมากขึ้น มีความไม่พอใจอยู่แล้ว ต่อการที่องค์สันตะปาปาซึ่งประทับอยู่แสนไกล มาถือสิทธิคุมอำนาจบังคับบัญชาตน แถมยังดูดสูบเอาโภคทรัพย์ไปยังกรุงโรมอีกด้วย”
(“Europe, history of,” New Grolier Multimedia Encyclopedia, 1994)
การปฏิรูป (Reformation) ซึ่งเป็นของฝ่ายโปรเตสแตนต์นี้ ตามมาด้วยการย้อนปฏิรูป (Counter-Reformation) ของฝ่ายโรมันคาทอลิก (ค.ศ.1540 หรือ 1559-1610) เพื่อเร่งงานกำจัดฝ่ายโปรเตสแตนต์ให้หมดสิ้น
ในช่วงเวลานับแต่เริ่มยุค Reformation ชาวคริสต์สองนิกายได้ทำ persecution และ religious war กัน ทั้งระหว่างคนในประเทศเดียวกัน ระหว่างผู้ปกครองกับราษฎรบ้าง ระหว่างราษฎรกับราษฎรบ้าง ระหว่างประเทศหนึ่งกับอีกประเทศหนึ่งบ้าง ระหว่างกลุ่มประเทศทั่วทั้งยุโรปบ้าง ซึ่งนอกจากทำให้เกิดความเปลี่ยนแปลงในยุโรปแล้ว ก็ส่งผลไปถึงการเกิดขึ้นของประเทศในโลกใหม่ คืออเมริกาด้วย
ยกตัวอย่าง ในประเทศอังกฤษ ซึ่งได้กลายเป็นประเทศโปรเตสแตนต์เมื่อพระเจ้าเฮนรีที่ ๘ (Henry VIII) แยกออกจากโรมันคาทอลิก โดยประกาศไม่ยอมรับอำนาจขององค์สันตะปาปา (Pope) และให้รัฐสภาสถาปนาพระองค์ขึ้นเป็นประมุขแห่งศาสน-จักรนิกายอังกฤษ (Church of England) คือนิกายแองกลิคาน (Anglican Church) ในปี 1534 ทำให้ศาสนาคริสต์นิกายอังกฤษ เป็นศาสนาประจำชาติมาจนบัดนี้
พระเจ้าเฮนรีที่ ๘ ได้ทรงกำราบและยึดทรัพย์วัดทั้งหลายของคาทอลิก ใครยอมเชื่อฟังองค์สันตะปาปา ถือว่าเป็นความผิดอาญาแผ่นดิน ผู้นับถือโรมันคาทอลิกคนใดไม่ยอมรับสถานะของพระองค์ว่าเป็นประมุขของศาสนจักร ก็ถูกประหารชีวิต
พึงสังเกตว่า อังกฤษกำจัดไม่เฉพาะชาวคาทอลิกเท่านั้น แต่กำจัดโปรเตสแตนต์นิกายอื่นที่ไม่ใช่นิกายอังกฤษด้วย ดังนั้น พวกถือนิกายลูเธอแรนก็ถูกจับเผาทั้งเป็นเสียเป็นจำนวนมาก
ต่อมา พระนางแมรีที่ ๑ (Mary I) ผู้เป็นพระราชธิดาของพระเจ้าเฮนรีที่ ๘ นั่นเอง ขึ้นครองราชย์ ใน ค.ศ.1553 สถานการณ์เปลี่ยนเป็นตรงข้าม พระนางแมรีพยายามกู้นิกายโรมันคาทอลิกกลับขึ้นมาให้เป็นศาสนาประจำชาติ และได้กำจัดผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์ ปรากฏว่าชาวโปรเตสแตนต์ถูกเผาทั้งเป็นไปประมาณ ๓๐๐ คน บ้างก็หนีไปอยู่ประเทศอื่น
ต่อจากพระนางแมรีที่ ๑ ใน ค.ศ.1558 พระกนิฏฐภคินี คือ พระนางเจ้าเอลิซาเบธที่ ๑ (Elizabeth I) ขึ้นครองราชย์ ก็กลับฟื้นนิกายโปรเตสแตนต์ขึ้นอีก และโดยเฉพาะในปลายรัชกาล ก็ได้กำจัดฝ่ายโรมันคาทอลิกอย่างโหดร้าย ถึงกับประหารชีวิตเสียเป็นอันมาก
ส่วนประเทศฝรั่งเศสนั้นตรงข้าม ได้พยายามรักษานิกายโรมันคาทอลิกไว้ให้มั่นคง และกำจัดนิกายโปรเตสแตนต์อย่างถึงที่สุด
พวกโปรเตสแตนต์ในฝรั่งเศสมีชื่อเรียกในสมัยนั้นว่าพวกฮิวเกนอตส์ (Huguenots)
เมื่อพวกฮิวเกนอตส์ (Huguenots) มีกำลังเข้มแข็งขึ้น รัฐบาลฝรั่งเศสก็ได้กำจัดอย่างรุนแรง จนกระทั่งเกิดเป็นสงครามศาสนาถึง ๘ ครั้ง ในช่วง ค.ศ.1562-1598 แต่หลังจากสงบศึกไประยะหนึ่ง ต่อมาก็กำจัดกันใหม่ และเกิดสงครามใหม่อีก
พวกฮิวเกนอตส์จำนวนมาก เห็นว่าจะอยู่ในประเทศของตนเองต่อไปไม่ไหว ก็พากันหนีไปประเทศอื่น เช่น อังกฤษ เยอรมนี เนเธอร์แลนด์ สวิสเซอร์แลนด์ แล้วจำนวนหนึ่งก็หนีต่อไปยังดินแดนแห่งโลกใหม่ คืออเมริกา (เช่น ในรัฐ Massachusetts, New York, Florida และ South Carolina)
พวกที่หนีไปครั้งนั้น ตำราฝรั่งว่ามีจำนวนประมาณ ๔ แสน ถึง ๑ ล้านคน เนื่องจากพวกฮิวเกนอตส์เป็นชนชั้นกลางที่มีการศึกษา มีความรู้และฝีมือดี ตลอดจนเป็นนายทหาร จึงทำให้ฝรั่งเศสสูญเสียทรัพยากรคนไปเป็นอันมาก การกำจัดและสงครามเพื่อกำจัดพวกฮิวเกนอตส์นี้ ดำเนินมาจนถึง ค.ศ.1789 (รวม ๒๒๗ ปี) จึงสิ้นสุดลง
ในประเทศเยอรมนี ซึ่งเป็นจุดเกิดกรณี คือเป็นที่เริ่มต้นของนิกายโปรเตสแตนต์ การกำจัดห้ำหั่นกันก็เป็นไปอย่างรุนแรงยาวนาน แต่จะไม่ยกมาพูดในที่นี้
ในที่สุด การปฏิรูป (Reformation) ของฝ่ายโปรเตสแตนต์ กับการย้อนปฏิรูป (Counter-Reformation) ของฝ่ายโรมันคาทอลิก ก็มาถึงจุดแตกหัก กลายเป็นสงครามศาสนา (religious war) ครั้งใหญ่ของยุโรป (ตะวันตก) ระหว่างประเทศทั้งหลายที่นับถือศาสนาเดียวกันแต่ต่างกันฝ่ายละนิกาย ซึ่งรบกันยาวนานถึง ๓๐ ปี เรียกว่า Thirty Years’ War ระหว่าง ค.ศ.1618-1648
สงครามที่ยืดยาวนี้ ก่อภัยพิบัติทั้งแก่ชีวิตมนุษย์ เศรษฐกิจ และสภาพสังคมทั่วไปของยุโรปอย่างมหาศาล เมืองหลายเมืองหมดประชากรไปครึ่งเมืองหรือเกินกว่าครึ่งเมือง ที่ฝรั่งระบุชื่อไว้ คือ แบรนเดนเบอร์ก เมกเลนเบอร์ก โปเมอเรเนีย พาลาติเนต วูร์เตมเบอร์ก และบางส่วนของบาวาเรีย (Brandenburg, Mecklenburg, Pomerania, the Palatinate, Bavaria)
เขายกตัวอย่างเมืองอีกเมืองหนึ่งในเยอรมนี ชื่อ แมกดีเบอร์ก (Magdeburg) ซึ่งเป็นฝ่ายโปรเตสแตนต์ ถูกกองทัพฝ่ายคาทอลิกบุกใน ค.ศ.1631 เมืองทั้งเมืองถูกเผา และราษฎรที่มีอยู่ ๓๐,๐๐๐ คน ถูกฆ่า “butchered” หมดไป ๒๐,๐๐๐ คน
ฝรั่งกล่าวว่าความสยดสยองของสงคราม ๓๐ ปีนี้ ฝังแน่นในความทรงจำของประชาชนยิ่งกว่าสงครามใดที่มีมาในยุโรปก่อนศตวรรษที่ ๒๐ และเนื่องจากสนามรบส่วนใหญ่อยู่บนแผ่นดินเยอรมัน สังคมเยอรมันจึงประสบความพินาศย่อยยับมากที่สุดอย่างที่ไม่ยิ่งไม่หย่อนไปกว่าสงครามโลกครั้งที่ ๒
สงครามยุติลงด้วยการเซ็นสัญญาสันติภาพ (เรียกว่า Peace of Westphalia) ใน ค.ศ.1648
แม้สงครามจะมีผลร้ายมากมาย แต่ผลดีที่สำคัญก็คือการที่ทุกฝ่ายต้องยอมรับซึ่งกันและกัน โดยเฉพาะเมื่อมองจากฐานเดิม ก็คือการที่ฝ่ายโรมันคาทอลิกที่เคยเป็นศาสนาหนึ่งเดียวของยุโรป ต้องยอมรับนิกายโปรเตสแตนต์ว่ามีอยู่อย่างเป็นทางการ และประชาชนก็พอจะเชื่อถือและปฏิบัติกิจตามลัทธิศาสนาที่ตนนับถือได้ โดยไม่ต้องหวั่นกลัวมากนักต่อการที่จะถูกฆ่าฟันสังหาร
เหตุการณ์นี้จึงหมายถึงการที่ชาวตะวันตกได้เริ่มรู้จักกับภาวะที่พอจะเรียกได้ว่าเป็นเสรีภาพทางศาสนา (religious freedom) โดยให้มี ขันติธรรม (tolerance) ต่อกันระหว่างศาสนาและลัทธินิกายที่ต่างกัน
(แม้ว่าความขัดแย้งที่รุนแรงจะยังเกิดขึ้นเป็นระยะๆ ดังเช่นเหตุการณ์ใหม่ๆ ในกรณีสงคราม ๔ ปีในบอสเนีย (Bosnia) ระหว่างชาวเซอร์บส์ ชาวโครแอตส์ และชาวมุสลิม ใน ค.ศ. ๑๙๙๑-๑๙๙๕ และปัญหาระหว่างชาวคาทอลิกกับโปรเตสแตนต์ในไอร์แลนด์เหนือ (Northern Ireland) ที่ยังค้างอยู่จนปัจจุบัน)
ผลพ่วงอย่างอื่นก็ติดมาด้วย เช่น ความเปลี่ยนแปลงทางอำนาจการเมือง การเปลี่ยนแปลงสถานะของดินแดนต่างๆ (เช่น เนเธอร์แลนด์ และสวิสเซอร์แลนด์ ได้เป็นประเทศเอกราช) และนับแต่นี้อำนาจการเมืองของศาสนจักรคริสต์ก็ลดน้อยถอยลงไป อำนาจการเมืองเป็นเรื่องของฝ่ายอาณาจักรมากขึ้น
พอชาวบ้านฟื้นคืนชีพขึ้นมา ศาสนาคริสต์ก็ถึงวาระแห่งการปฏิรูป
ยุคนี้กำหนดด้วยการสิ้นสุดอำนาจครอบคลุมยุโรปขององค์สันตะปาปา และการเกิดขึ้นของศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์ ซึ่งพลอยมีผลพ่วงตามมาให้เกิดความเปลี่ยนแปลงครั้งยิ่งใหญ่ในวิถีชีวิตของผู้คนและสังคมของชาวตะวันตก
ยุคปฏิรูป หรือ Reformation นี้ ก็เป็นผลที่สืบเนื่องมาจากอิทธิพลของแนวคิดและการตื่นตัวในยุคคืนชีพนั่นเอง คือเป็นความขัดแย้งระหว่างกระแสความคิดความเชื่ออย่างเก่ากับอย่างใหม่ แต่ในเมื่อเป็นเรื่องที่เกี่ยวกับอำนาจทั้งทางการเมืองและความยึดมั่นทางศาสนาที่รุนแรง การโต้แย้งและการแข็งขืนจึงกลายเป็นการต่อสู้ด้วยกำลัง การห้ำหั่นบีฑา (persecution) และสงครามศาสนา (religious war)
แต่เปลี่ยนย้ายจากการกำจัดคนนอกรีตนอกศาสนา และสงครามกับคนต่างศาสนา มาเป็นการศึกสงครามกับชาวคริสต์ด้วยกันเอง ระหว่างผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิกเดิม กับผู้นับถือนิกายใหม่คือโปรเตสแตนต์ ซึ่งต่างก็ถือว่าอีกฝ่ายหนึ่งเป็นพวกนอกรีต
ศาสนจักรคาทอลิกที่มีอำนาจยิ่งใหญ่ จำต้องระดมทุนเพื่อเสริมรักษาความยิ่งใหญ่นั้น จึงได้ให้มีการขายใบไถ่บาป (indulgence) ซึ่งอ้างว่าโปรดประทานจากพระคลังบุญ (Treasury of Merits) ของพระเยซูและเหล่านักบุญ โดยมีตัวแทนจำหน่าย (agents) ในถิ่นต่างๆ
การขายบัตรไถ่บาปทำให้ได้เงินมหาศาล (รวมทั้งเงินที่เอามาสร้างมหาวิหาร Saint Peter's ที่กรุงโรม) บาทหลวงบางคนขายใบไถ่บาปนี้เอาเงินให้องค์สันตะปาปา เพื่อได้รับแต่งตั้งในสมณศักดิ์สูง การก่อสร้างและการสะสมร่ำรวยเงินทองได้อืดพองขึ้นในศาสนจักร
ณ วันที่ ๓๑ ต.ค. 1517/๒๐๖๐ บาทหลวงเยอรมันชื่อมาร์ติน ลูเธอร์ (Martin Luther) ได้ปิดประกาศคำประท้วงการขายใบไถ่บาป อันถือว่าเป็นจุดเริ่มแห่งการปฏิรูป ที่ให้ชาวคริสต์คืนกลับไปหาพระคัมภีร์ โดยปฏิเสธอำนาจขององค์สันตะปาปา หลังจากนั้นไม่นาน การกำจัดกวาดล้างรบราฆ่าฟันและสงครามก็ตามมา
มาร์ติน ลูเธอร์ ซึ่งเป็นเพียงเอกชนคนหนึ่ง แต่มีกำลังสนับสนุนมาคุ้มครองและสู้กับวาติกันได้ นอกจากเพราะมีผู้เชื่อตามคำสอนทางศาสนาที่เขาตีความใหม่กันมากแล้ว ก็เป็นเพราะเหตุผลทางการเมืองด้วย ดังที่ฝรั่งเขียนไว้ว่า
ทั่วยุโรปภาคเหนือ กษัตริย์และเจ้าผู้ครองดินแดนทั้งหลาย ซึ่งรู้ตระหนักว่าตนกำลังมีอำนาจมากขึ้น มีความไม่พอใจอยู่แล้ว ต่อการที่องค์สันตะปาปาซึ่งประทับอยู่แสนไกล มาถือสิทธิคุมอำนาจบังคับบัญชาตน แถมยังดูดสูบเอาโภคทรัพย์ไปยังกรุงโรมอีกด้วย”
(“Europe, history of,” New Grolier Multimedia Encyclopedia, 1994)
การปฏิรูป (Reformation) ซึ่งเป็นของฝ่ายโปรเตสแตนต์นี้ ตามมาด้วยการย้อนปฏิรูป (Counter-Reformation) ของฝ่ายโรมันคาทอลิก (ค.ศ.1540 หรือ 1559-1610) เพื่อเร่งงานกำจัดฝ่ายโปรเตสแตนต์ให้หมดสิ้น
ในช่วงเวลานับแต่เริ่มยุค Reformation ชาวคริสต์สองนิกายได้ทำ persecution และ religious war กัน ทั้งระหว่างคนในประเทศเดียวกัน ระหว่างผู้ปกครองกับราษฎรบ้าง ระหว่างราษฎรกับราษฎรบ้าง ระหว่างประเทศหนึ่งกับอีกประเทศหนึ่งบ้าง ระหว่างกลุ่มประเทศทั่วทั้งยุโรปบ้าง ซึ่งนอกจากทำให้เกิดความเปลี่ยนแปลงในยุโรปแล้ว ก็ส่งผลไปถึงการเกิดขึ้นของประเทศในโลกใหม่ คืออเมริกาด้วย
ยกตัวอย่าง ในประเทศอังกฤษ ซึ่งได้กลายเป็นประเทศโปรเตสแตนต์เมื่อพระเจ้าเฮนรีที่ ๘ (Henry VIII) แยกออกจากโรมันคาทอลิก โดยประกาศไม่ยอมรับอำนาจขององค์สันตะปาปา (Pope) และให้รัฐสภาสถาปนาพระองค์ขึ้นเป็นประมุขแห่งศาสน-จักรนิกายอังกฤษ (Church of England) คือนิกายแองกลิคาน (Anglican Church) ในปี 1534 ทำให้ศาสนาคริสต์นิกายอังกฤษ เป็นศาสนาประจำชาติมาจนบัดนี้
พระเจ้าเฮนรีที่ ๘ ได้ทรงกำราบและยึดทรัพย์วัดทั้งหลายของคาทอลิก ใครยอมเชื่อฟังองค์สันตะปาปา ถือว่าเป็นความผิดอาญาแผ่นดิน ผู้นับถือโรมันคาทอลิกคนใดไม่ยอมรับสถานะของพระองค์ว่าเป็นประมุขของศาสนจักร ก็ถูกประหารชีวิต
พึงสังเกตว่า อังกฤษกำจัดไม่เฉพาะชาวคาทอลิกเท่านั้น แต่กำจัดโปรเตสแตนต์นิกายอื่นที่ไม่ใช่นิกายอังกฤษด้วย ดังนั้น พวกถือนิกายลูเธอแรนก็ถูกจับเผาทั้งเป็นเสียเป็นจำนวนมาก
ต่อมา พระนางแมรีที่ ๑ (Mary I) ผู้เป็นพระราชธิดาของพระเจ้าเฮนรีที่ ๘ นั่นเอง ขึ้นครองราชย์ ใน ค.ศ.1553 สถานการณ์เปลี่ยนเป็นตรงข้าม พระนางแมรีพยายามกู้นิกายโรมันคาทอลิกกลับขึ้นมาให้เป็นศาสนาประจำชาติ และได้กำจัดผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์ ปรากฏว่าชาวโปรเตสแตนต์ถูกเผาทั้งเป็นไปประมาณ ๓๐๐ คน บ้างก็หนีไปอยู่ประเทศอื่น
ต่อจากพระนางแมรีที่ ๑ ใน ค.ศ.1558 พระกนิฏฐภคินี คือ พระนางเจ้าเอลิซาเบธที่ ๑ (Elizabeth I) ขึ้นครองราชย์ ก็กลับฟื้นนิกายโปรเตสแตนต์ขึ้นอีก และโดยเฉพาะในปลายรัชกาล ก็ได้กำจัดฝ่ายโรมันคาทอลิกอย่างโหดร้าย ถึงกับประหารชีวิตเสียเป็นอันมาก
ส่วนประเทศฝรั่งเศสนั้นตรงข้าม ได้พยายามรักษานิกายโรมันคาทอลิกไว้ให้มั่นคง และกำจัดนิกายโปรเตสแตนต์อย่างถึงที่สุด
พวกโปรเตสแตนต์ในฝรั่งเศสมีชื่อเรียกในสมัยนั้นว่าพวกฮิวเกนอตส์ (Huguenots)
เมื่อพวกฮิวเกนอตส์ (Huguenots) มีกำลังเข้มแข็งขึ้น รัฐบาลฝรั่งเศสก็ได้กำจัดอย่างรุนแรง จนกระทั่งเกิดเป็นสงครามศาสนาถึง ๘ ครั้ง ในช่วง ค.ศ.1562-1598 แต่หลังจากสงบศึกไประยะหนึ่ง ต่อมาก็กำจัดกันใหม่ และเกิดสงครามใหม่อีก
พวกฮิวเกนอตส์จำนวนมาก เห็นว่าจะอยู่ในประเทศของตนเองต่อไปไม่ไหว ก็พากันหนีไปประเทศอื่น เช่น อังกฤษ เยอรมนี เนเธอร์แลนด์ สวิสเซอร์แลนด์ แล้วจำนวนหนึ่งก็หนีต่อไปยังดินแดนแห่งโลกใหม่ คืออเมริกา (เช่น ในรัฐ Massachusetts, New York, Florida และ South Carolina)
พวกที่หนีไปครั้งนั้น ตำราฝรั่งว่ามีจำนวนประมาณ ๔ แสน ถึง ๑ ล้านคน เนื่องจากพวกฮิวเกนอตส์เป็นชนชั้นกลางที่มีการศึกษา มีความรู้และฝีมือดี ตลอดจนเป็นนายทหาร จึงทำให้ฝรั่งเศสสูญเสียทรัพยากรคนไปเป็นอันมาก การกำจัดและสงครามเพื่อกำจัดพวกฮิวเกนอตส์นี้ ดำเนินมาจนถึง ค.ศ.1789 (รวม ๒๒๗ ปี) จึงสิ้นสุดลง
ในประเทศเยอรมนี ซึ่งเป็นจุดเกิดกรณี คือเป็นที่เริ่มต้นของนิกายโปรเตสแตนต์ การกำจัดห้ำหั่นกันก็เป็นไปอย่างรุนแรงยาวนาน แต่จะไม่ยกมาพูดในที่นี้
ในที่สุด การปฏิรูป (Reformation) ของฝ่ายโปรเตสแตนต์ กับการย้อนปฏิรูป (Counter-Reformation) ของฝ่ายโรมันคาทอลิก ก็มาถึงจุดแตกหัก กลายเป็นสงครามศาสนา (religious war) ครั้งใหญ่ของยุโรป (ตะวันตก) ระหว่างประเทศทั้งหลายที่นับถือศาสนาเดียวกันแต่ต่างกันฝ่ายละนิกาย ซึ่งรบกันยาวนานถึง ๓๐ ปี เรียกว่า Thirty Years’ War ระหว่าง ค.ศ.1618-1648
สงครามที่ยืดยาวนี้ ก่อภัยพิบัติทั้งแก่ชีวิตมนุษย์ เศรษฐกิจ และสภาพสังคมทั่วไปของยุโรปอย่างมหาศาล เมืองหลายเมืองหมดประชากรไปครึ่งเมืองหรือเกินกว่าครึ่งเมือง ที่ฝรั่งระบุชื่อไว้ คือ แบรนเดนเบอร์ก เมกเลนเบอร์ก โปเมอเรเนีย พาลาติเนต วูร์เตมเบอร์ก และบางส่วนของบาวาเรีย (Brandenburg, Mecklenburg, Pomerania, the Palatinate, Bavaria)
เขายกตัวอย่างเมืองอีกเมืองหนึ่งในเยอรมนี ชื่อ แมกดีเบอร์ก (Magdeburg) ซึ่งเป็นฝ่ายโปรเตสแตนต์ ถูกกองทัพฝ่ายคาทอลิกบุกใน ค.ศ.1631 เมืองทั้งเมืองถูกเผา และราษฎรที่มีอยู่ ๓๐,๐๐๐ คน ถูกฆ่า “butchered” หมดไป ๒๐,๐๐๐ คน
ฝรั่งกล่าวว่าความสยดสยองของสงคราม ๓๐ ปีนี้ ฝังแน่นในความทรงจำของประชาชนยิ่งกว่าสงครามใดที่มีมาในยุโรปก่อนศตวรรษที่ ๒๐ และเนื่องจากสนามรบส่วนใหญ่อยู่บนแผ่นดินเยอรมัน สังคมเยอรมันจึงประสบความพินาศย่อยยับมากที่สุดอย่างที่ไม่ยิ่งไม่หย่อนไปกว่าสงครามโลกครั้งที่ ๒
สงครามยุติลงด้วยการเซ็นสัญญาสันติภาพ (เรียกว่า Peace of Westphalia) ใน ค.ศ.1648
แม้สงครามจะมีผลร้ายมากมาย แต่ผลดีที่สำคัญก็คือการที่ทุกฝ่ายต้องยอมรับซึ่งกันและกัน โดยเฉพาะเมื่อมองจากฐานเดิม ก็คือการที่ฝ่ายโรมันคาทอลิกที่เคยเป็นศาสนาหนึ่งเดียวของยุโรป ต้องยอมรับนิกายโปรเตสแตนต์ว่ามีอยู่อย่างเป็นทางการ และประชาชนก็พอจะเชื่อถือและปฏิบัติกิจตามลัทธิศาสนาที่ตนนับถือได้ โดยไม่ต้องหวั่นกลัวมากนักต่อการที่จะถูกฆ่าฟันสังหาร
เหตุการณ์นี้จึงหมายถึงการที่ชาวตะวันตกได้เริ่มรู้จักกับภาวะที่พอจะเรียกได้ว่าเป็นเสรีภาพทางศาสนา (religious freedom) โดยให้มี ขันติธรรม (tolerance) ต่อกันระหว่างศาสนาและลัทธินิกายที่ต่างกัน
(แม้ว่าความขัดแย้งที่รุนแรงจะยังเกิดขึ้นเป็นระยะๆ ดังเช่นเหตุการณ์ใหม่ๆ ในกรณีสงคราม ๔ ปีในบอสเนีย (Bosnia) ระหว่างชาวเซอร์บส์ ชาวโครแอตส์ และชาวมุสลิม ใน ค.ศ. ๑๙๙๑-๑๙๙๕ และปัญหาระหว่างชาวคาทอลิกกับโปรเตสแตนต์ในไอร์แลนด์เหนือ (Northern Ireland) ที่ยังค้างอยู่จนปัจจุบัน)
ผลพ่วงอย่างอื่นก็ติดมาด้วย เช่น ความเปลี่ยนแปลงทางอำนาจการเมือง การเปลี่ยนแปลงสถานะของดินแดนต่างๆ (เช่น เนเธอร์แลนด์ และสวิสเซอร์แลนด์ ได้เป็นประเทศเอกราช) และนับแต่นี้อำนาจการเมืองของศาสนจักรคริสต์ก็ลดน้อยถอยลงไป อำนาจการเมืองเป็นเรื่องของฝ่ายอาณาจักรมากขึ้น