ระยะโรคเอดส์ เป็นระยะที่ภูมิคุ้มกันถูกทำลายอย่างรุนแรง ปริมาณเซลล์ CD4 ต่ำกว่า 200 จากที่คนปกติจะมี 500 – 1,600 ทำให้ผู้ป่วยในระยะนี้ติดเชื้อชนิดอื่นได้ง่าย โดยผู้ป่วยเอดส์จะมีอาการปอดอักเสบ เหนื่อยหอบง่าย น้ำหนักลดลงอย่างรวดเร็ว ท้องเสียเรื้อรัง เป็นไข้ซ้ำ ๆ เหงื่อออกตอนกลางคืน เกิดผื่นคันตามผิวหนังเกิดฝ้าขาวในช่องปาก ต่อมน้ำเหลืองที่คอ รักแร้และขาหนีบบวมโต ติดเชื้อฉวยโอกาส เช่น วัณโรค เชื้อราในปอด(PCP) เชื้อราในเยื่อหุ้มสมอง