อยากทราบวิธีการคิดภาษี ร้านค้าในโครงการคนละครึ่งค่ะ (บุคคลธรรมดา)

ร้านข้าวตามสั่งแถวบ้าน เค้าเข้าโครงการคนละครึ่ง อยู่ๆ วันนี้เค้าไม่รับสแกน เลยถามพี่เค้า เลยเล่าให้ฟังว่า

ตั้งแต่เข้าโครงการมา ช่วงเย็นเค้าก็เปิดขายพวกเครื่องหมูกระทะเพิ่มจากเดิม รายได้ก็เข้ามา 2-3 เท่าตัวจากขายตามสั่งปกติ  พี่แกบอกปกติ ขายตามสั่งกำไรวัน ไม่เกินพันบาท แกก็ยื่นภาษีมาทุกปี พอยอดเสแกนจ่ายมันเพิ่มขึ้น เค้าเลยไปคุยกับสรรพากรเรื่องเตรียมเสียภาษี  

สรรพากรลองคำนวนให้โดย ยึดยอด จาก ยอดที่รับสแกนจ่าย จากแอพถุงเงิน แล้วเอามาคำนวนเป็นรายได้เลย พี่เค้าก็ท้วงเรื่องต้นทุน ว่าในยอดรายรับที่สแกนมายังไม่ได้หักต้นทุน แต่สรรพากรบอกไม่สนใจต้นทุน ยึดยอดรับเลย แถม คำนวนย้อนหลัง 10 ปี  ก็รวมๆ แล้วพี่เค้าต้องเสียภาษี กับเบี้ยประบเงินเพิ่ม
ก็คงเยอะพอตัว เค้าเลยไม่รับสแกนจ่าย

พี่เค้ามีลูก2 คน หักลดหย่อนลูกได้ กับหักลดหย่อนตัวเอง

***ข้อสงสัย
1. การคำนวนรายได้ ตรงนี้ ทำไมสรรพากรถึงไม่หักต้นทุนของ แล้วเอาแต่กำไรมาคำนวน เป็นรายได้ (สรรพากรบอกว่าไม่สนใจต้นทุน) ตามหลักบัญชี เค้าต้องคิดภาษีจาก รายได้หลังหัดค้าใช้จ่ายไม่ใช่เหรอ 

2. ร้านค้า เพิ่งมามียอดขายเยอะขึ้น ตอนมีโครงการ แต่เอายอดขาย ณ ตอนนี้มา มาประมาณการคำนวน ย้อนหลังด้วย 
3. หลังจากคิดยอดภาษี ที่ต้องจ่ายกับเบี้ยปรับเงินเพิ้ม สรรพากรบอก ให้จ่ายมา หมื่นนึง แล้วจบ (แบบนี้ก็ได้เหรอคะ)

ตอนนี้ร้านแถวบ้านไม่รับสแกนไปหลายร้านเลยค่ะ เพราะโดนคิดภาษีแบบนี้  ใครรู้ช่วยตอบหน่อยค่ะ สงสัย 

ปล.เราก็ฟังเค้าเล่ามา ทำนองนี้เกือบทุกร้านเลย