ถ้าเอาตามหลักฐานจริงๆ จะพบในหลักฐานต่างประเทศหลายชิ้นระบุตรงกันว่าทรงปกครองอย่างเด็ดขาด ทรงมีบทลงโทษต่อผู้กระทำผิดอย่างรุนแรง จนบางครั้งอาจจะดูโหดร้ายด้วยครับ ซึ่งจะเชื่อหรือไม่ก็เป็นดุลยพินิจของผู้อ่านที่จะวิเคราะห์ครับ

อ้างอิงจากหลักฐานของ Jacques de Coutre ชาวเฟลมิชที่ได้มีโอกาสเข้าเฝ้าสมเด็จพระนเรศวรใน พ.ศ. ๒๑๓๙ ได้กล่าวถึงพระอัธยาศัยที่ในสายตาของเขาเห็นว่าป่าเถื่อนและเป็นทรราช แต่ส่วนใหญ่เท่าที่เห็นคือเรื่องที่กล่าวมาจะเป็นบทลงโทษที่พระองค์โปรดให้ทำต่อผู้มีความผิดซึ่งโปรดให้ลงอาญาต่อหน้าพระพักตร์เสมอ และบทลงโทษนั้นมีความรุนแรงมาก ซึ่งหลายครั้ง de Coutre ยืนยันว่าเขาเห็นด้วยตาของตนเอง เช่น

- โปรดให้ส่งนักโทษประหาร ๑๐ คน เข้าไปในคอกที่มีควายป่าดุร้าย ๘ ตัว โดยมีหอกคนละเล่ม หากใครต่อสู้ที่ดีที่สุดจะทรงอภัยโทษ สุดท้ายมีคนรอดเพียงคนเดียวแต่ก็บาดเจ็บสาหัส ก็ทรงปล่อยตัวตามสัญญา แต่ de Coutre ก็กล่าวด้วยว่าทรงโปรดทอดพระเนตรคนถูกทารุณ

- นางกำนัลวัย ๘ ขวบคนหนึ่ง ถูกหญิงชราหลังค่อมหลอกให้เอากุญแจท้องพระคลังมาจากห้องบรรทมพระอัครมเหสี แล้วหญิงชราได้คบคิดกับหมอผีขโมยทองในท้องพระคลังออกมาแต่โดนจับได้ สมเด็จพระนเรศวรโปรดให้จับหญิงชราคนนั้นและนางกำนัลที่มีอายุ ๘ ขวบทั้งหมดในพระราชวัง (ซึ่งล้วนแต่เป็นลูกหลานขุนนาง) มาควักลูกตา ถลกหนังที่มือ ถอดเล็บ ตัดเนื้อบางส่วนจากหลังแล้วบังคับให้กิน จากนั้นก็จับไปทอดในกระทะทั้งเป็น โดยแต่ละคนมีกระทะของตนเอง

- โปรดให้ลงโทษหญิงสาวที่ประพฤติผิดประเวณี และสามีของนางกล่าวถึงพระองค์ในแง่ลบ ด้วยการจับเปลื้องผ้า และส่งสุนัขที่คณะทูตโปรตุเกสส่งมาถวายให้เขาไปกัด แต่สุนัขไม่ยอมกัด จึงมีการบังคับให้นางปาหินให้สุนัข สุนัขจึงกระโดดมากัดที่หน้าอกแค่สองครั้ง สมเด็จพระนเรศวรจึงโปรดให้ส่งเสือเข้าไปขย้ำจนตาย และโปรดให้นำศพไปประจานไว้ที่ตะแลงแกง

- โปรดให้ตัดแขนคนเลี้ยงช้างหลวง ๖ คนและเอาแขนนั้นมาผูกเชือกให้คล้องคอ เนื่องจากทรงเห็นว่าช้างหลวงไม่แข็งแรง จึงเป็นการเตือนให้คนดูแลช้างตระหนักในหน้าที่ของตน

- โปรดให้สำเร็จโทษพระอนุชาพระองค์หนึ่งด้วยการทอดทั้งเป็น และโปรดให้นำทหารอีก ๘๐๐ คนไปเผา เนื่องจากไม่มาช่วยเหลือพระองค์ในสงครามยุทธหัตถี

บทลงโทษเหล่านี้อาจจะดูเกินจริง แต่ก็ไม่ใช่เรื่องเหลวไหลเสียทีเดียว เพราะในกฎหมายสมัยอยุทธยาหลายมาตราก็มีบทลงโทษที่ใกล้เคียงกับที่ de Coutre กล่าวอยู่หลายตอนครับ


ส่วนหลักฐานของฟาน ฟลีต เขียนหลังสวรรคตไปแล้ว ๓๐ กว่าปี เนื้อหาจึงอาจได้จากปากคำของคนที่อยู่ทันเหตุการณ์ และอาจเป็นเรื่องที่เล่ากันปากต่อปากด้วย ในส่วนที่เกี่ยวกับความเด็ดขาดของสมเด็จพระนเรศวรก็จะมี

- หลังพิธีราชาภิเษก โปรดให้เผาฝีพายหลวงที่เทียบเรือผิด ๑,๖๐๐ คนทั้งเป็น (ตามกฎมณเฑียรบาล เทียบเรือพระที่นั่งผิดโทษถึงตาย เพราะเป็นเรื่องที่เสี่ยงต่อความปลอดภัยของพระเจ้าแผ่นดิน)

- เวลาเสด็จออกขุนนางจะทรงพระแสงธนูอยู่เสมอ หากทอดพระเนตรเห็นผู้ทำผิดจะทรงยิงธนูใส่ และตรัสสั่งให้นำลูกธนูมาถวายคืน

- ตรัสสั่งให้เฉือนเนื้อบุคคลที่กระทำผิดแม้แต่น้อยนิดเสมอ และให้บุคคลนั้นกินเนื้อต่อหน้าพระพักตร์ (โทษเฉือนเนื้อให้กินมีในกฎหมายอาชญาหลวง) บางครั้งให้กินอุจจาระของตนเอง รับสั่งว่าจะโปรยทองไว้บนถนน ใครที่มองทองด้วยความละโมบจะถูกฆ่าตาย เพื่อเป็นการดัดนิสัยชาวสยามให้เป็นชนชาติที่น่านับถือ