คุณคิดมากเกินไปเรื่องการ "ทำงานร่วมกัน" มันไม่ได้ซับซ้อนขนาดนั้นเลยครับ
จริงๆ หลักการมันง่ายมากๆ คืออะไรเก็บไว้ที่ไหน เวลาโหลดก็ใช้ความเร็วของสื่อบันทึกนั้นๆ นั่นเอง

ปกติเวลาเปิดไฟล์ world มันจะโหลดโปรแกรมก่อน แล้วจึงโหลดตัวไฟล์
ถ้าโปรแกรมลงใน ssd เวลาโหลดโปรแกรมก็ได้ความเร็วของ ssd
ถ้าไฟล์ลงใน hdd เวลาอ่านตัวไฟล์ก็ได้ความเร็วของ hdd แค่นั้นเอง คือมีความเร็วในการโหลด 2 อัตรา

การทำงานร่วมกันแบบซับซ้อนกว่านี้ก็มี เช่นในสื่อบันทึกประเภท sshd
คือ hdd ที่มี cache เป็น ssd ในตัว พวกนั้นจะซับซ้อนกว่า เช่น ข้อมูลที่เปิดบ่อยจะโหลดจาก ssd ส่วนที่นานๆ โหลดทีจะโหลดจาก hdd เป็นต้น
พวกนี้ถึงน่างงครับ ส่วนวิธีใช้แบบของคุณไม่มีอะไรซับซ้อนเลย อยากให้อะไรเร็วก็เอาไปลงใน ssd แค่นั้นเอง

ส่วนเหตุผลที่คนส่วนใหญ่จะลงแต่ os และ program ใน ssd คือสองอย่างนี้ขนาดมันไม่ใหญ่มาก และขนาดมันไม่ค่อยขยายเมื่อทำงานมากขึ้น
อย่างสมมติไฟล์เอกสารต่างๆ ยิ่งพิมพ์เยอะก็ยิ่งไฟล์ใหญ่ ยิ่งใส่รูป ใส่วิดีโอมันก็ใหญ่ไปได้เรื่อยๆ ที่เขาไม่นิยมเอาไฟล์พวกนี้ใส่ ssd เพราะมันกินที่ เนื่องจาก ssd มีราคาต่อความจุสูงกว่า hdd เป็นเหตุผลด้านความประหยัดและใช้ทรัพยากรให้คุ้มค่าเท่านั้นเอง แต่ถ้าสมมติคนบ้านรวย ซื้อ ssd ขนาด 2tb มาใช้เพียวๆ โดยไม่มี hdd เลย เขาก็ไม่ต้องกังวลอะไร ลงทุกอย่างใน ssd ได้เลยครับ เร็วกว่า hdd แน่นอน