สังฆนายกและสังฆมนตรี รับทราบคำร้องเรียนจากการประชุมร่วมกับตำรวจสันติบาลว่า มี 2 ผู้เสียหาย ได้กล่าวหาว่า พระพิมลธรรม (อาจ) เสพเมถุนธรรมทางเวจมรรค (ร่วมเพศทางทวารหนัก) กับพวกตนจนสำเร็จความใคร่

การกล่าวหาเช่นนี้ ตามกระบวนการยุติธรรมของสงฆ์ตามพ.ร.บ.คณะสงฆ์ 2484 แล้ว จะต้องมอบเรื่องให้คณะวินัยธร ที่ถืออำนาจอธิปไตยทางตุลาการ
แต่ที่น่าตกใจก็คือ สังฆนายก สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ (จวน อุฏฐายี) กลับด่วนวินิจฉัยเองด้วยการเขียนหนังสือสั้นๆ เสนอสมเด็จพระสังฆราช (ปลด) กระนั้นสมเด็จพระสังฆราช ก็รับลูกต่อทันควันด้วยการออกหนังสือไปยังพระพิมลธรรม (อาจ) มีข้อความที่น่าสนใจว่า
"ด้วยทางการตำรวจได้ทำการสอบสวนเรื่องความประพฤติของท่านได้ความประจักษ์ แล้ว...ขอให้ท่านพิจารณาตนด้วยตน ขอให้ท่าน ออกเสียจากสมณเพศ และหลบหายตัวไปเสีย จะเป็นการดีกว่าที่จะปรากฏโดยประการอื่นๆ เพื่อรักษาตัวท่านเอง และเพื่อเห็นแก่วัดและพระศาสนา"

พระพิมลธรรม (อาจ) ก็ตอบจดหมายกลับไป โดยมีใจความว่า.
" ข้อเสนอที่ให้หนีไปนั้นไม่เป็นผลดีต่อวัดมหาธาตุ และศาสนาโดยรวม และโดยส่วนตัวก็ไม่เป็นธรรม"
หนังสือดังกล่าวลงวันที่ 22 กันยายน 2503 พระพิมลธรรม (อาจ) เองก็ไม่ได้ถูกโดดเดี่ยวจากการปรักปรำ อีกสองวันต่อมา ปรากฏคณะสงฆ์วัดมหาธาตุจำนวน 465 รูปได้ทำหนังสือ และลงนามยืนยันความบริสุทธิ์

อย่างไรก็ตามทางเบื้องบนก็มีจดหมายให้ชี้แจง และแม้พระพิมลธรรม (อาจ) จะชี้แจงกลับไป ก็ดูราวกับว่าไม่มีผลใดๆ ซ้ำยังเดินหน้าตัดสินโดยข้ามกระบวนการที่ชอบธรรมโดยการประกาศถอดสมณศักดิ์ ในเดือนพฤศจิกายน 2503 ไม่เฉพาะกับพระพิมลธรรม (อาจ) เท่านั้น แต่พระศาสนโสภณ (ปลอด อตฺถการี) วัดราชาธิวาส ที่สนับสนุนพระพิมลธรรม (อาจ) ด้วยข้อหาฝ่าฝืนไม่ปฏิบัติตามพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช

โดยออกมาในนามของประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี ลายเซ็น สฤษดิ์ ธนะรัชต์ นายกรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน 2503 การโค่นล้มพระพิมลธรรมจึงได้ดึงเอาอำนาจรัฐเข้ามาเกี่ยวพันเพื่อทำลายศัตรูของตนอย่างสิ้นคิด ต่อมาสามารถพิสูจน์ได้ว่าข้อกล่าวหาดังกล่าวเป็นความเท็จ

แม้จะถูกถอดสมณศักดิ์ พระพิมลธรรม (รองสมเด็จพระราชาคณะ) กลายเป็นพระอาสภเถระ (พระธรรมดา) ก็ยังตั้งมั่นเพราะเชื่อในความบริสุทธิ์ของตน
แม้กระนั้นยังโดนการเมืองภายในคณะสงฆ์ใช้อำนาจรัฐมาบีบบังคับให้สึกด้วยข้อหาคอมมิวนิสต์ โดยเข้าจับกุม ณ วัดมหาธาตุ ในวันที่ 20 เมษายน 2505 พระอาสภเถร ไม่แสดงอาการขัดขืน แต่ขอเจ้าหน้าที่ตำรวจเขียนบันทึกสั่งการงานที่คั่งค้างอยู่อย่างองอาจ ก่อนจะถูกนำตัวไปสันติบาล

เรื่องดังกล่าวไม่ใช่เรื่องเล็กๆ แต่พบว่า ระหว่างจับกุมกรมตำรวจ ได้นำแถลงการณ์ส่งไปออกทางสถานีวิทยุกระจายเสียงแห่งประเทศไทย อ้างความจำเป็นในการจับกุมคราวนี้ว่า ..
" ถ้าปล่อยไว้ ก็จะเป็นภยันตรายอย่างใหญ่หลวงต่อสถาบันชาติ ศาสนาและพระมหากษัตริย์ จึงจำเป็นต้องจัดการขั้นเด็ดขาดด้วยการจับกุมตัวมาดำเนินคดีต่อไป "

ในที่สุดก็พระอาสภเถระก็ถูกกระชากผ้ากาสาวพัสตร์ออกไปโดยคำสั่งของสังฆมนตรี โดยผู้ลงมือคือ พระธรรมคุณาภรณ์ (ฟื้น ชุตินฺธโร) วัดสามพระยา และพระธรรมมหาวีรานุวัตร (ไสว ฐิตวีโร) วัดไตรมิตร ทำให้ต้องเปลี่ยนไปครองผ้ากาสาวพัสตร์สีขาวแทน
การสึกจบลงด้วยการที่อดีตพระอาสภเถระเดินทางไปจำพรรษาในฐานะอาคันตุกะ ณ สันติปาลาราม ตั้งแต่วันที่ 20 เมษายน 2505 ถูกทำให้หายไปจากวงการสงฆ์อีกสิบกว่าปี

สุดท้ายแล้ว ต่อมา ศาลทหารสามารถพิสูจน์ความบริสุทธิ์ จึงตัดสินยกฟ้องทั้งหมด เมื่อ ปี พ.ศ. 2509 และคืนสมณศักดิ์ให้แก่ทั้งสองท่าน แต่มันก็หลายปีที่ท่านต้องตกเป็นจำเลยสังคม.!