หลังการจำหน่ายเพียงไม่กี่ชั่วโมงสำนักแกะเจ้าดัง iFixit ได้ชำแหละ iPhone 6s และ iPhone 6s Plus พบความเปลี่ยนแปลงหลักๆ ดังนี้

-ซีพียู Apple A9 APL0898 และรวม M9 ไว้ในชิป

-แรม LPDDR4 2GB

ชิปควบคุม 3D Touch Apple 343S00014 และ Taptic Engine

ชิป LTE Qualcomm MDM9635M

ใช้อะลูมิเนียมซีรีส์ 7000 (iPhone 6 และ 6 Plus ใช้ซีรีส์ 6063) และกระจกแบบ Ion-X

iFixit ให้คะแนนความง่ายในการซ่อมสำหรับ iPhone 6s และ iPhone 6s Plus ที่ 7 เต็ม 10 คะแนน เท่ากันกับ iPhone 6 และ iPhone 6 Plus เมื่อปีที่แล้ว