ถ้าอธิบายงงๆขออภัยนะครับ  (ผมใช้ ssd นะครับ)
windows 8.1 pro มีอาการแปลกๆ คือเวลาเปิดเครื่องมามันมีไอคอนขึ้นมาบน desktop แค่ 2 อันคือ chome กับ this pc แล้วต้องรออีกพักนึง ไอคอนอื่นๆถึงจะขึ้น ประมาณ 20-40 วินาที โดยที่ตอน มี ไอคอนแค่ 2 อันนั้นสามารถ เรียกใช้โปรแกรมอื่นๆใน start ได้ปกติโดยแทบไม่ต้องคอยโหลด
( เปิด photoshop กับ dreamweaver เสร็จก่อนไอคอนจะขึ้นด้วยซ้ำ) ที่ผมสงสัยก็คือ ถ้าที่ไอคอนมันขึ้นช้าเพราะยังโหลดเข้าwindowsไม่เสร็จ ทำไม่ถึงเปิดโปรแกรมใหญ่ๆได้ โหลดเสร็จก่อนไอคอนอีก  
แล้วก็พอไอคอนขึ้นแล้ว การคลิกขวาที่ไอคอนครั้งแรกจะใช้เวลาโหลดนานมากถึงจะขึ้นตัวเลือก
(ประมาณ 10 วินาที)  แต่จะเป็นแค่ครั้งแรกนะครับ  ไม่ว่าจะคลิกขวาทันทีที่โหลดเสร็จหรือทิ้งไว้เป็นชั่วโมงแล้วค่อยคลิกก็ตาม

ไม่ทราบว่ามีท่านไหนพอรู้ไหมครับว่าเกิดจากอะไร เป็นที่ hardware หรือ software
(ที่จริงผมว่าจะลง windows ใหม่ แต่มาลองถามดูก่อนเพื่อมีคนรู้วิธีแก้จะได้ไม่ต้องลงใหม่)
สเปคเครื่องนะครับ
windows 8.1 pro 64 bit (แท้)
i5-4570
gig m87m-hd3
r9-270x
rem 8 gb 1600
ssd plextor m6s 128 gb   wd blue 1 tb  red 2 tb  (ssd เพิ่งใช้ไปแค่ 50 GB )
xfxpro 650 w