ภาคแรก
โลกอนาคต มนุษย์ได้ไปตั้งอาณานิคมบนดาวอังคารแล้ว พระเอกคือทหารนาวิกโยธินที่ถูกสั่งย้ายไปประจำที่ดาวอังคาร เหตุเพราะดันไปทำร้ายผู้บังคับบัญชา (ผู้บังคับบัญชาสั่งให้พระเอกยิงใส่ประชาชน พระเอกไม่ยอม) ไปทำหน้าที่ยามรักษาการณ์ให้บริษัท  Union Aerospace Corporation ซึ่งกำลังทำการทดลองสร้างเครื่องเทเลพอร์ตบนดาวอังคาร
แน่นอนว่าการทดลองเกิดผิดพลาด เกิดไปเปิดประตูมิติเชื่อมต่อกับนรกเข้า มารปีศาจจากนรกเลยออกมาอาละวาดบนดาวอังคาร พระเอกต้องหยุดพวกปีศาจให้ได้ก่อนมันจะบุกโลก
ภาคแรกจบที่พระเอกปราบผู้บงการเปิดประตูนรกได้ แต่พวกปีศาจก็บุกโลกจนได้

ภาคสอง Doom II: Hell on Earth
ต่อจากฉากจบภาคแรก พวกปีศาจบุกโลก มนุษยชาติสร้างยานอวกาศเพื่ออพยพมนุษย์ที่เหลือ แต่ถูกพวกปีศาจสร้างม่านพลังกั้นไว้
พระเอกที่ใช้ประตูมิติจากดาวอังคารมายังโลกได้สู้พวกปีศาจและปลดม่านพลัง ทำให้ยานออกตัวได้ พระเอกเสียสละอยู่สู้ปีศาจเพื่อซื้อเวลาให้ยานออกจากโลกได้ทัน ยานออกจากโลกได้ทัน ทิ้งพระเอกเป็นมนุษย์คนสุดท้ายบนโลก
มนุษย์บนยานติดต่อพระเอกว่าพวกเขาค้นพบแหล่งที่มาของการเปิดประตูมิติบนโลก มันตั้งอยู่ที่บ้านเกิดของพระเอก หลังจากฝ่าฟันไปจนถึงประตูมิติ พระเอกก็พบว่าประตูมิติต้องปิดจากด้านใน เลยกระโจนเข้าประตูมิติสู่นรก เพื่อหาทางปิดประตู
ในนรก พระเอกพบปีศาจขนาดใหญ่ " Icon of Sin" และได้ปราบมันลงได้ ทำให้ประตูมิติปิดตัวลง พระเอกหนีออกมาสู่โลกได้ทัน พระเอกและมนุษยชาติที่เหลือช่วยกันฟื้นฟูโลกขึ้นมาใหม่


ภาค 3
เนื้อเรื่องไม่ได้ต่อจากภาคใหน แต่เป็นการ Reboot ซีรีย์ดูมใหม่หมด เรียกว่าคนละจักรวาลกับภาค 1 และ 2 เนื้อเรื่องเอาเนื้อเรื่องภาคแรกมาปรับปรุงใหม่
ในปี 2145 บริษัท Union Aerospace Corporation (UAC) ได้ไปตั้งสถานีวิจัยบนดาวอังคาร เนื่องจากสถานีไม่ได้ตั้งบนโลก ดังนั้นจึงสามารถทำการทดลองได้โดยไม่ต้องสนใจกฎหมาย แต่นานไป เจ้าหน้าที่ในสถานีก็เริ่มมีอาการแปลกๆ บนคนได้ยินเสียงที่ไม่รู้ที่มา บางคนเริ่มเสียสติ

พระเอกคือเจ้าหน้าที่นาวิกโยธินที่ถูดส่งมาตรวจสอบอุบัติเหตุที่เกิดขึ้นบนดาวอังคาร และพบว่ามีนักวิทยาศาสตร์หลายคนหายตัวไปอย่างลึกลับ และพบว่ากำลังมีการทดลองเครื่องเทเลพอร์ตบนดาวอังคาร นำโดย Dr. Betruger
เกิดเหตุผิดปกติในการทดลอง เจ้าหน้าที่บนสถานีส่วนใหญ่กลายเป็นซอมบี๊ และกองทัพจากนรกได้ออกจากประตูมิติมาอาละวาด
พระเอกและหน่วยนาวิกโยธินพยามสุดความสามารถในการควบคุมสถานการณ์ และได้รับการติดต่อจาก Dr. Betruger ซึ่งเปิดเผยว่าการทดลองไม่ได้ผิดพลาด แต่เขาจงใจสร้างประตูสู้นรกมาตั้งแต่แรก และวางแผนจะใช้ยานส่งกำลังสนับสนุนที่กำลังจะมาจากโลกเป็นพาหนะขนพวกปีศาจไปบุกโลก
ในการพยายามหยุด Dr. Betruger พระเอกได้สืบสวนที่มาที่ไปของการทดลองเปิดประตูนรก พบว่าสถานีวิจัยแห่งนี้ได้ขึดพบซากโบราณสถานลึกลับบนดาวอังคาร และโบราณวัตถุที่เรียกว่า Soul Cube ซึ่งอารยธรรมโบราณสร้างขึ้นมาเพื่อรับมือกับกองทัพนรก แต่ปรากฎว่า Dr. Betruger ถือครอง Soul Cube อยู่ และได้ไปซ่อนตัวในนรก
พระเอกติดกับดักและถูกส่งไปนรก พระเอกฝ่าฟันจนไปถึง Soul Cube และกลับออกมาจากนรกได้ พระเอกใช้ Soul Cube ปิดประตูนรก หยุดยั้งแผนการบุกโลกของปีศาจได้
ในตอนท้ายยานส่งกำลังเสริมก็มาถึง และพบว่ามีแต่พระเอกคนเดียวที่รอด ส่วน Dr. Betruger หายสาบสูญ

ในท้ายเครดิต เปิดเผยว่า Dr. Betruger ได้รับรางวัล ได้รับการเปลี่ยนร่างเป็นปีศาจในนรก

ภาคเสริม Doom 3: Resurrection of Evil
เนื้อเรื่องต่อจากภาค 3
Dr. Betruger ที่ตอนนี้กลายเป็นปีศาจที่ชื่อว่า Maledict เริ่มการบุกครั้งใหม่ของกองทัพนรก โดยบุกสถานีอวกาศแห่งหนึ่งของดาวอังคาร
พระเอกคือหนึ่งในเจ้าหน้าที่ที่ถูกส่งไปตรวจสอบ และได้พบสิ่งที่เรียกว่า Hellstone ซึ่งพวกปีศาจตามหาอยู่ และได้ข้อมูลมาว่าหากนำ Hellstone กลับไปยังที่ตั้งของมันในนรกจะสามารถปิดประตูนรกและหยุดยั้งแผนของปีศาจได้
พระเอกบุกไปยังนรกและต่อสู้กับ Maledict ซึ่งตอนนี้เป็นปีศาจขนาดใหญ่คล้ายมังกร พระเอกเสียท่าให้ Maledict แต่ก่อนที่จะถูกกิน พระเอกคว้า Hellstone ที่ดูดซับพลังจากปีศาจ Hell Hunters ทั้ง 3 ที่พระเอกเคยปราบมา โยนใส่ปาก Maledict พลังงานของ Hellstone ทำลาย Maledict จนเหลือแต่กระดูก แผนการของพวกปีศาจถูกยับยั้งลงในที่สุด