การกับของกัปตัน bj blazkowicz หลังจากปฏิบัติภารกิจในการค้นหาและทำลายซุปเปอร์อาวุธไม่ได้ แถมโดน ด็อกเตอร์ แจ๊ค ฮิมเลอร์ อริเก่าตัวฉกาศซ้อนแผนด้วยกับดักอีกแต่ด้วยก็หลุดออกมาได้ แต่ด้วยอุบัติเหตุสะเก็ดหินโดนศรีษะ bj เข้าอย่างจังจึงส่งผลให้ bj เป็นเจ้าชายนินทรามานาน 12 จนมาตื่นขึ้นในปี 1960 (ยุคบุปผาชน) ผลนั้นคือ นาซี ชนะสงครามโลกครั้งที่ 2 อเมริกาล่มสลาย นาซีครองโลก สัมพันธมิตรหนีลงใต้ดินหมด bj จึงไหว้วาน อันย่า พยาบาลสาวที่ค่อยดูแล bj ครั้งที่เขาอยู่ โรงพยาบาลจิตเวช และต้องโดนกวาดล้างโดยนาซีเพียงเพื่อต้องนำผู้ป่วยไปดัดแปลงเป็น แอนดรอย ใน 1960 นาซีคิดค้นเทคโนโลยีใหม่ๆ เสมอ มี แอนดรอยครึ่งมนุษย์ แอนดรอยสมบูรณ์ แอนดรอยสุนัข สัตว์ประหลาด โดยงานเขาขอให้ อันยา พาเขาไปหาสัมพันธมิตรที่อยู่ใต้ดิน ที่นั้นเขาได้พบกับ แคโรไรน์ (นางเอกในภาค 2) ที่ bj คิดว่าเธอตายไปแล้วที่ปราสาท black sun เธอได้เล่าว่าสาเหตุที่นาซีชนะสงครามเพราะเจ้าซุปเปอร์อาวุธเจ้ากรรมนั้นแหละ ซึ่งเจ้า ซุปเปอร์อาวุธนี้ก็คือผลพ่วงจากภาค 2 นั้นเองงานนี้ bjพระเอกเราจะชนะและหยุดยั้งนาซี โปรดติดตาม