เมื่อเกิดเหตุการณ์ก่อวินาศกรรมวันที่ 11 กันยายน 2001 ทำให้ภูมิภาคตะวันออกกลางกลายเป็นกลุ่มเป้าหมายของสหรัฐและตะวันตกในการจัดระเบียบโลกใหม่ ภายใต้สงครามต่อต้านการก่อการร้ายหรือ War on Terror  ซึ่งบุชประกาศเมื่อวันที่  20 กันยายน 2001 โดยมีเป้าหมายอยู่ที่ตะวันออกกลางเพราะผู้ร้ายในที่นี้คือกลุ่มอัลกออิดะห์ซึ่งมีความสัมพันธ์อย่างแนบแน่นกับบิน ลาเดนซึ่งอยู่ในอัฟกานิสถาน การที่ตาลีบันปฏิเสธไม่ส่งบิน ลาเดนให้สหรัฐฯ นำไปสู่การบุกโจมตีของสหรัฐฯ และพันธมิตรในนามองค์การนาโตต่ออัฟกานิสถานเมื่อวันที่ 7 ตุลาคม 2001 อันนำไปสู่การล่วงลงจากอำนาจของกลุ่มตาลีบัน   ในขณะเดียวกับหลายประเทศในภูมิภาคตะวันออกกลางก็ถูกมองจากประชาคมโลกในด้านที่ไม่ดีนักอย่างเช่นซาอุดิอาระเบียซึ่งผู้ก่อการร้ายที่จี้เครื่องบินล้วนเป็นคนซาอุเป็นส่วนใหญ่  หรือซีเรียก็มีชื่อเสียงโด่งดังขึ้นในฐานะรัฐที่สนับสนุนการก่อการร้าย

บุชยังสานวาทกรรมสงครามต้านก่อการร้ายโดยประกาศให้หลายประเทศเป็นอักษะแห่งปีศาจหรือ Axis of Evils คือ อิรัก อิหร่าน และแถมด้วยประเทศในเอเชียตะวันออกอย่างเช่นเกาหลีเหนือซึ่งเป็นประเทศที่ครอบครองอาวุธร้ายแรง
ต่อมาสหรัฐฯ ก็ได้พยายามเชื่อมโยงความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มอัลกออิดะห์กับซัดดัม ฮุซเซนของอิรักในเรื่องการครอบครองอาวุธร้ายแรง อันเป็นเหตุให้สหรัฐฯ และพันธมิตรทำการบุกอิรักในปี 2003   โดยได้รับการสนับสนุนจากตะวันตกบางประเทศเช่นอังกฤษและสเปน  ส่วนเยอรมันและฝรั่งเศสไม่เห็นด้วย  บนอุดมการณ์ของพวกนวอุรักษ์นิยมที่ต้องการเผยแพร่ประชาธิปไตยให้กับตะวันออกกลางซึ่งส่วนใหญ่เต็มไปด้วยการปกครองแบบอุดมการณ์อำนาจนิยมแต่ก็ไม่ได้มีการเปลี่ยนแปลงอะไรเท่ากับอาหรับสปริงในอีกหลายปีต่อมา เผด็จการทั้งหลายก็ยังกินดีอยู่ดีแต่บางประเทศก็เปลี่ยนท่าทีเช่นลิเบียก็หันมาทำตัวเป็นเด็กดีไม่เกี่ยวข้องกับการก่อการร้ายและการพัฒนาอาวุธร้ายแรงและฟื้นความสัมพันธ์กับตะวันตก

อย่าไงก็ตามหลายฝ่ายที่ต่อต้านสงครามเห็นว่าบุชบุกอิรักก็เพื่อเปิดให้บริษัทน้ำมันเข้ามากอบโกยน้ำมันจากอิรักและยังเป็นการรุกเข้ามาประชิดประเทศที่เป็นศัตรูกับสหรัฐฯ มานานคืออิหร่าน  แต่อิหร่านก็ได้รับอนิสงค์คือซัดดัม ศัตรูตัวฉกาจได้หมดจากอำนาจ และเมื่อสหรัฐฯ เริ่มถอนกำลังทางทหาร อิหร่านก็ได้เข้าไปแพร่อิทธิพลเข้าในอิรักแทนด้วยความที่มีประชากรส่วนใหญ่นับถือนิกายชีอะห์เหมือนกัน