อาร์เซนอลช่วงปี 1986-ปัจจุบัน

การกลับเข้ามาสู่วงการฟุตบอลอีกครั้งของ จอร์จ แกรแฮม อดีตนักเตะในฐานะผู้จัดการทีมของอาร์เซนอลในปี 1986 ทำให้สโมสรสามารถคว้าแชมป์ได้ 3 สมัย อาร์เซนอลคว้าแชมป์ลีกคัพได้ในฤดูกาล 1986-87 ซึ่งเป็นฤดูกาลแรกที่แกรแฮมเข้ามาคุมทีม จากนั้นก็มาได้แชมป์ลีกในฤดูกาล 1988-89 ด้วยการคว้าแชมป์จากประตูในนาทีสุดท้าของเกมที่พบกับลิเวอร์พูล จากนั้น อาร์เซนอลภายใต้การคุมทีมของแกรแฮมนั้นก็ได้แชมป์ลีกอีกในปี 1990-91 โดยแพ้ไปเพียงเกมเดียวเท่านั้น และสามารถคว้าแชมป์ดับเบิลแชมป์เอฟเอคัพพร้อมกับลีกคัพได้ในฤดูกาล 1992-93 และถ้วยยุโรปใบที่ 2 คือยูฟ่าคัพวินเนอร์สคัพในฤดูกาล 1993-94 ได้ อย่างไรก็ตาม ชื่อเสียงของแกรแฮมก็กลายเป็นความเสื่อมเสียเมื่อมีการเปิดเผยว่าเขาได้รับเงินสินบนจาก Rune Hauge เอเยนต์ของนักเตะในการซื้อตัว จากนั้น แกรแฮมก็โดนไล่ออกในปี 1995 และ บรูซ ริออช ก็เข้ามารับตำแหน่งแทน ซึ่งได้คุมทีมอยู่เพียงฤดูกาลเดียวก่อนที่จะลาออกไปเนื่องจากขัดแย้งกับบอร์ดบริหาร

ความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของสโมสรอยู่ในช่วงปลายทศวรรษที่ 1990 และช่วงทศวรรษที่ 2000 เนื่องจาก อาร์แซน เวนเกอร์ เข้ามาดำรงตำแหน่งผู้จัดการทีมในปี 1996 เวนเกอร์นำแทคติคใหม่ๆมาใช้ นำวิธีการซ้อมใหม่ๆเข้ามาและนำนักเตะต่างชาติที่สามารถปรับตัวเข้ากับฟุตบอลอังกฤษได้มาเสริมทีมจำนวนมาก อาร์เซนอลจึงสามารถคว้าดับเบิลแชมป์ได้อีกครั้งในฤดูกาล 1997-98 ซึ่งเป็นแชมป์ลีกและแชมป์บอลถ้วย และได้ดับเบิลแชมป์ที่ 3 ในฤดูกาล 2001-02 นอกจากนั้น สโมสรยังสามารถเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศฟุตบอลยูฟ่าคัพได้ในฤดูกาล 1999-00 (แพ้จุดโทษให้กับกาลาตาซาราย แต่มาได้แชมป์เอฟเอคัพ ในฤดูกาล 2002-03 และ 2004-05 แชมป์พรีเมียร์ลีกอีกครั้งในปี 2003-04 ซึ่งเป็นแชมป์พรีเมียร์ลีกโดยที่ไม่แพ้ทีมใดเลยจนได้รับฉายาว่า "อาร์เซนอลผู้ไร้เทียมทาน" (The Invincibles) และสามารถทำสถิติไม่แพ้ติดต่อกัน 49 นัดได้ในฤดูกาลต่อมา ซึ่งนับว่าเป็นสถิติสูงสุดของประเทศอีกด้วย

อาร์เซนอลจบฤดูกาลด้วยอันดับ 1 หรืออันดับ 2 รวมทั้งสิ้น 8 ฤดูกาลจาก 11 ฤดูกาลที่อาร์แซน เวนเกอร์ก้าวเข้ามาคุมทีมๆนี้ อาร์เซนอลเป็นหนึ่งในสี่สโมสรเท่านั้นที่สามารถคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกได้ตั้งแต่ก่อตั้งลีกสูงสุดนี้ขึ้นในปี 1993 (นอกจากอาร์เซนอลก็มีแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด, แบล็คเบิร์น โรเวอร์ส และเชลซี) แม้ว่าจะไม่สามารถป้องกันแชมป์ได้แม้แต่สมัยเดียวก็ตาม เมื่อไม่นานมานี้ อาร์เซนอลยังไม่เคยตกรอบที่ต่ำกว่ารองก่อนรองชนะเลิศในรายการยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกเลย โดยในฤดูกาล 2005-06 สามารถเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศได้ ซึ่งเป็นทีมแรกจากกรุงลอนดอนที่สามารถเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศถ้วยยุโรปได้ในรอบ 15 ปี แต่กลับแพ้ให้กับบาร์เซโลนา 2-1 อย่างน่าเสียดาย จากนั้นในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2006 อาร์เซนอลก็ได้ยุติประวัติศาสตร์ 93 ปีที่ไฮบิวรีลง โดยการย้ายสนามเหย้ามาอยู่ที่สนามเอมิเรตส์สเตเดียมอันเป็นที่ตั้งของสโมสรในปัจจุบันนี้

เมื่อสิ้นสุดศตวรรษที่ 20 ในปลายปี ค.ศ. 1999 อาร์เซนอลได้รับการจัดลำดับจากสำนักข่าวบีบีซีให้เป็นทีมฟุตบอลที่ดีที่สุดของอังกฤษในรอบ 100 ปี โดยพิจารณาจากสถิติ และปัจจัยต่าง ๆ โดยมี เอฟเวอร์ตัน และ ลิเวอร์พูล เป็นอันดับสอง และสาม ตามลำดับ