จันทน์เทศมีความสำคัญสำหรับการผลิตเครื่องเทศสองอย่าง คือ เมล็ดจันทน์เทศ และ ดอกจันทน์เทศ ในตำรายาไทย ลูกจันทน์ จะนำมาใช้แก้ธาตุพิการ บำรุงกำลัง แก้ไข้ บำรุงหัวใจ บำรุงธาตุ แก้จุกเสียด ขับลม รักษาอาการอาหารไม่ย่อย คลื่นไส้อาเจียน ท้องเสีย แก้บิด แก้กำเดา แก้ท้องร่วง แก้ร้อนใน กระหายน้ำ แก้เสมหะโลหิต แก้ปวดมดลูก และบำรุงโลหิต เปลือกเมล็ด รสฝาดมีมันหอม นำมาใช้สมานบาดแผลภายใน แก้ท้องอืด แก้ปวดท้อง ในประเทศอินโดนีเซียจะใช้ลูกจันทน์เทศรักษาอาการท้องเสีย และนอนไม่หลับ

นอกจากนี้ในบัญชียาจากสมุนไพร ที่มีการใช้ตามองค์ความรู้ดั้งเดิม ตามประกาศ คณะกรรมการแห่งชาติด้านยา (ฉบับที่ 5) ปรากฏการใช้ลูกจันทน์ ในยารักษาอาการโรคในระบบต่าง ๆ ของร่างกาย คือยารักษากลุ่มอาการทางระบบไหลเวียนโลหิต (แก้ลม) ยารักษากลุ่มอาการทางระบบทางเดินอาหาร มีส่วนประกอบของลูกจันทน์ร่วมกับสมุนไพรชนิดอื่น ๆ ในตำรับ มีสรรพคุณ บรรเทาอาการท้องอืดเฟ้อ.